В конце XVIII века Екатерина II издала указ, запрещающий захоронения у городских приходских церквей. В Вологде для городских кладбищ выделили три участка. В заречной части города кладбище изначально располагалось у Антипьевской церкви. Однако, из-за близости к городским кварталам, в начале XIX века его перенесли на новое место.

В 1818 году на новом кладбище купцы Витушешниковы построили летнюю Введенскую кладбищенскую церковь. В 1854 году рядом с ней возвели небольшую каменную церковь с одним куполом во имя Николая Чудотворца. В краеведческой литературе этот храм также называют Введенским теплым.

Храм в стиле классицизма с боковыми притворами был построен на средства вологодского купца и благотворителя Николая Скулябина. На Введенском кладбище находилась усыпальница семьи Скулябиных, где похоронен и сам Николай Иванович Скулябин. Возле Никольской церкви сохранились могилы известных вологжан, включая мецената и общественного деятеля Христофора Семёновича Леденцова.

С середины 1930-х годов в теплом Введенском Никольском храме одновременно действовали обновленческая община и группа григорианцев, представителей григорианского раскола.

В 1936 году холодная Введенская церковь была закрыта, а в 1937 году снесена. Теплый Введенский Никольский храм закрыли в марте 1938 года. После войны храм утратил завершение и южный притвор. До наших дней на Введенском кладбище сохранились остатки этого церковного строения.