Am Ende des 18. Jahrhunderts erließ Katharina II. ein Dekret, das Bestattungen bei den städtischen Pfarrkirchen verbot. In Wologda wurden drei Flächen für städtische Friedhöfe ausgewiesen. Im Stadtteil hinter dem Fluss befand sich der Friedhof ursprünglich bei der Antipjewskaja-Kirche. Aufgrund der Nähe zu den Stadtvierteln wurde er jedoch zu Beginn des 19. Jahrhunderts an einen neuen Ort verlegt.

Im Jahr 1818 errichteten die Kaufleute Vitushechnikov eine Sommerfriedhofskirche an dem neuen Friedhof. 1854 wurde neben ihr eine kleine Steinkirche mit einer Kuppel zu Ehren des Heiligen Nikolaus erbaut. In der regionalen Literatur wird dieses Gotteshaus auch als die warme Wiedenfriedhofskirche bezeichnet.

Die im klassizistischen Stil mit seitlichen Vorhallen errichtete Kirche wurde mit Mitteln des wologdischen Kaufmanns und Wohltäters Nikolai Skuljabin gebaut. Auf dem Wiedenfriedhof befand sich die Grabstätte der Familie Skuljabin, wo auch Nikolai Ivanovich Skuljabin selbst beigesetzt wurde. In der Nähe der Nikolaskirche sind die Gräber bekannter Wologdaner erhalten geblieben, darunter der Mäzen und öffentliche Aktivist Christofor Semyonovich Ledentsov.

Seit Mitte der 1930er Jahre wirkten in der warmen Wieden-Nikolaskirche gleichzeitig eine Erneuerungsgemeinde und eine Gruppe von Gregorianern, Vertretern des Gregorianischen Schismas.

Im Jahr 1936 wurde die kalte Wieden-Kirche geschlossen und 1937 abgerissen. Die warme Wieden-Nikolaskirche wurde im März 1938 geschlossen. Nach dem Krieg verlor die Kirche ihre Abschlusskonstruktion und das südliche Vorhaus. Bis heute sind die Überreste dieses Kirchengebäudes auf dem Wiedenfriedhof erhalten geblieben.