О существовании церкви в честь Михаила Архангела в Астрахани известно с середины XVII века. В документах 1672 года, связанных с убийством астраханского митрополита Иосифа, упоминается «деревянного подола поп церкви Михаила Архангела». Церковь находилась в Земляном городе, в одной из стрелецких слобод, располагавшихся вдоль южной стены Белого города. Эта слобода, известная как Змиева, по имени стрелецкого полковника, была самой восточной и прилегала к стене Земляного города, где находились Архангельские ворота. В конце XVII века рядом со Змиевой слободой начали селиться армяне, для которых был построен каменный гостиный двор. После стрелецкого бунта 1705-1706 годов большинство дворов в Змиевой слободе опустело, и армяне вскоре полностью её заселили. С начала XVIII века упоминания о деревянной Михаило-Архангельской церкви на этом месте исчезают. Её дальнейшая история связана с Ямгурчеевой слободой, названной так в честь последнего астраханского хана Ямгурчея или влиятельного ногайского мурзы.

Русская слобода за рекой Кутум появилась в начале XVIII века. Полковник Михаил Лебедев построил здесь полковой госпиталь, в котором разместилась деревянная церковь в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радосте». В 1727 году церковь сгорела. К середине века Ямгурчеева слобода стала многолюдной. Здесь находились казармы для солдат Кавказского линейного батальона, а позже казачьего полка. Слобода превратилась в солдатскую, но здесь также проживало значительное посадское население, занимающееся ремёслами. Жители начали обсуждать строительство собственной церкви и обратили внимание на старую Воскресенскую церковь.

Воскресенская церковь была построена в Казанской стрелецкой слободе в середине XVII века. Первые упоминания о ней датируются 1672 годом. Казанская слобода, вероятно, появилась в Астрахани раньше, когда стрельцы расселялись в Земляном городе. После восстания Стеньки Разина сюда был направлен солдатский полк. В конце XVII века численность солдат в Астрахани увеличилась, и они продолжали селиться в Казанской слободе, а позже появились новые солдатские слободы. В 1697 году в Казанской слободе упоминается церковь в честь Покрова Богородицы, вероятно, придельная. В 1747 году Воскресенская церковь имела придел в честь Покрова Богородицы. В «Ключаревской летописи» говорится, что в 1722 году губернатор Артемий Петрович Волынский, ожидая приезда Петра I, велел снести деревянные дома в кремле и перенести церкви. Воскресенская церковь была перенесена и переименована в честь Казанской иконы Божией Матери, из-за чего слобода стала называться Казанской. Возможно, кремлёвская Воскресенская церковь была перенесена на место прежней местной Воскресенской, которая могла сгореть из-за частых пожаров в Астрахани. Однако переименование Воскресенской церкви в Казанскую, скорее всего, неверно, так как слобода могла быть названа Казанской в честь полка из Казани.

Храм был расписан священными изображениями в 1836 году. В 1905 году были расписаны новые стены храма, а старая роспись обновлена. Главный иконостас, изготовленный мастером Фёдором Коновичем Моисеевым в 1901 году, был трёхъярусным, изящной резной работы и вызолочен на полимент. Иконостасы придельных алтарей, также вызолоченные на полимент, были установлены в 1905 году. Этот храм был единственным в Астрахани с скульптурными изображениями святых.

В 1923 году Михаило-Архангельский храм был захвачен обновленцами. В 1936 году его закрыли и затем взорвали.