Первое упоминание о храме, посвященном Архангелу Михаилу, датируется 1616 годом. Изначально он был деревянным, но в 1697 году сгорел. В 1781 году на его месте по благословению епископа Тобольского и Сибирского Варлаама I начали строить каменную двухъярусную церковь. Изначально планировалось, что она будет одноэтажной с приделом в честь святого Иоанна Предтечи, но в процессе строительства решили сделать два этажа. На первом этаже разместили теплую церковь во имя Архистратига Михаила, освященную в 1791 году, а на втором, холодную церковь в честь Иоанна Предтечи, освященную в 1824 году.

В 1898-1899 годах был построен одноэтажный северный придел, освященный в честь святого праведного Симеона Верхотурского, покровителя Сибири.

В 1911 году церковь дважды посетил епископ Тобольский и Сибирский Евсевий Гроздов. В 1920 году храм закрыли для служб, а в 1922 году по декрету ВЦИК из него изъяли более 5 пудов серебряной утвари и драгоценных камней. С 1930-х годов здание использовали как клуб, контору, гараж и склады. В 1934 году сняли купола и разобрали колокольню. В 1940-1960-х годах демонтировали портик главного входа и лестницу на второй этаж. В 1941 году храм стал гарнизонной прачечной, а в 1945 году, столовой и общежитием. Позже в здании размещались завод №769 и административные помещения разных организаций.

С 1976 года церковь охраняется государством как памятник истории и культуры регионального значения.

В 1991 году начались ремонтно-реставрационные работы, и храм начали постепенно возвращать Русской Православной Церкви.

В 1997 году ответственность за восстановление храма возложили на иерея Николая Егорова. С этого времени велись работы по восстановлению четверика, колокольни, куполов и сводов. В 1998 году началась внутренняя отделка верхнего придела и строительство лестницы на второй этаж. Были очищены настенные росписи второй половины XIX и начала XX веков.

В 1999 году, в престольный праздник 21 ноября, в приделе Архангела Михаила прошла первая служба. В 2000 году настоятелем храма стал иерей Николай Егоров.

Силами прихода была проведена полная реставрация храма, выполнены внутренние и наружные штукатурные работы, установлены позолоченные кресты, построен притвор и изготовлены иконостасы. Создали систему отопления и освещения, установили деревянные и мраморные полы, новые оконные и дверные блоки. В 2005 году освятили и установили новые колокола на восстановленную колокольню.

В приходе есть приписной храм-часовня во имя святого праведного Лазаря Четверодневного на Червишевском кладбище в Тюмени, освященный в 2003 году. Храм построил Евсеев Анатолий Васильевич.