В 1885 году в Дивеевском монастыре был построен игуменский корпус, который Батюшка называл начальническим. Он был возведен на месте, указанном на плане, составленном преподобным Серафимом и хранящемся в монастыре. В корпусе располагались архиерейские покои, кельи игумении, казначеи, благочинной, канцелярия, библиотека и комнаты для изготовления искусственных цветов.

В 1902 году для больной игумении Марии Ушаковой в восточной части корпуса была обустроена домовая церковь, вмещавшая до 50 человек. Храм освятили в честь святой равноапостольной Марии Магдалины, небесной покровительницы игумении.

В 1903 году в этом храме на литургии присутствовали Император Николай II, Императрица и члены Царствующего дома, которые посетили Дивеевский монастырь после прославления преподобного Серафима в Сарове. Это событие стало важной вехой в истории монастыря. В память о нем в обновленной церкви в иконостасе была размещена икона Царственных мучеников.

После закрытия монастыря церковь была разорена. В игуменском корпусе сначала разместили Дивеевский детский дом, а затем различные учреждения и квартиры.

Летом 1996 года был отремонтирован фасад и восстановлен купол над домовой церковью во имя святой Марии Магдалины. 27 сентября, в праздник Воздвижения Креста Господня, на купол установили крест. С 1997 года начались работы внутри церкви. В 1996 году открылась общеобразовательная монастырская православная школа. 26 сентября 2000 года были обретены мощи преподобных Александры, Марфы и Елены Дивеевских, и 22 декабря они были прославлены как местночтимые святые Нижегородской епархии.

Храм был повторно освящен 3 февраля 2006 года.