Село Фроловское, ранее известное как Флоровское, является одним из старейших поселений Юрьевского района. Оно упоминается в духовной грамоте 1389 года великого князя Дмитрия Иоанновича Донского, который завещал его своей жене, княгине Евдокии Дмитриевне. В их браке родились восемь сыновей: Даниил, Василий, Юрий, Семён, Андрей, Пётр, Иван и Константин, а также четыре дочери: Софья, Мария, Анастасия и Анна. Старший сын, великий князь Василий Дмитриевич, обменял село у матери и в 1426 году завещал его своей супруге, княгине Софье Витовтовне, дочери великого князя литовского Витовта, с которой вступил в брак в 1391 году. У них было пять сыновей: Юрий, Иван, Даниил, Семён и Василий, и четыре дочери: Анна, Анастасия, Мария и Василиса. В 1462 году великий князь Василий Васильевич завещал село своей жене Марии Ярославовне. После её смерти селом владел их младший сын, князь Борис Васильевич Волоцкий. В 1471 году Борис женился на княжне Ульянии Михайловне, дочери удельного князя Холмского Михаила Дмитриевича. У них родились сыновья Фёдор и Иван. В начале XVI века село перешло к Фёдору Борисовичу, сыну князя Бориса, который умер бездетным. После его смерти селом управляла его вдова Мария. Флоровское оставалось дворцовым селом до 1691 года, когда его передали боярам Петру и Василию Абрамовичам Лопухиным.

Церковь во Флоровском существовала с XIV века. В 1628 году в документах Патриаршего казённого приказа упоминается «церковь Ивана Богослова в государеве дворцовом селе Фроловском». В 1691 году она была описана как «ветхая». В 1828 году деревянная церковь сгорела от удара молнии, и в том же году началось строительство каменной. Нынешняя каменная церковь Святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова с приделами Казанской иконы Божией Матери и Святителя Николая Мирликийского была освящена в 1838 году. Каменная колокольня была построена в 1852 году.

В советское время храм был закрыт и разорён, разрушены его завершение, алтарь, колокольня и церковная ограда.