Церковь Иоанна Богослова находится в центре Оренбурга. Это одноглавая каменная церковь с небольшой трапезной и колокольней, а апсида у нее четырехгранная. Храм был построен и освящен в 1902 году на средства прихожан и коллежского регистратора Истомина И.С., а также протоиерея Семенова. Первоначально здание служило и храмом, и женской церковно-приходской школой. В 1905 году, по просьбе прихожан, школу перенесли в другое здание, а на территории церкви возвели деревянную звонницу. В 30-х годах XX века храм закрыли, а звонницу снесли.

Восстановление церкви началось в 1996 году после передачи здания епархии. В 2002 году церковь была вновь освящена, хотя реставрация продолжалась. В 2007 году построили новую каменную звонницу, а до 2009 года шли работы по росписи храма. Сейчас церковь Иоанна Богослова восстановлена в своем первоначальном виде и используется по назначению. Она является исторической и православной достопримечательностью Оренбурга.