Этот храм, расположенный почти в центре Харькова, не привлекает туристов и редко упоминается в современных описаниях города. Добраться до него общественным транспортом сложно. Вокруг находятся заводы, склады и остатки частной застройки бывшего поселка Ивановка. Однако здесь можно встретить преподавателей Харьковского университета, известных писателей, поэтов, актеров, а также правозащитников и политиков. Службы проходят только в части здания, но в христианские праздники храм переполнен прихожанами.

История храма святого Иоанна Богослова в Харькове начинается с переселения украинцев из Поднепровья, бежавших от войн в Слободские земли. Во время основания слободы Ивановка на реке Лопань Харьковским полком командовал Иван Сирко, легендарный казацкий предводитель. Сирко умер в 1680 году, и этим годом датируется освящение первого деревянного храма в Ивановке. Возможно, Сирко был основателем слободы или она принадлежала ему, либо среди жителей были его соратники, но все три предположения могут быть верны.

В 1762 году деревянная церковь была восстановлена, сохранив свое название. С ней связано имя Григория Сковороды, известного философа и путешественника, который жил неподалеку. К сожалению, дом Сковороды был снесен во время Перестройки, и город лишился исторического памятника.

Деревянная церковь простояла более ста лет, но в 1879 году была заложена каменная церковь того же имени, строительство которой завершилось в 1885 году. Храм оставался за пределами города, и граница проходила по соседней улице. Проект церкви разработал архитектор Федор Данилов в неорусском стиле. Средства на строительство, вероятно, предоставили местные заводчики и меценаты.

Церковь освятили 3 ноября 1885 года. Она имела три престола и приходское кладбище на Лысой горе. Внутренние росписи были аскетичными из-за нехватки средств. Перед Первой мировой войной при храме работала воскресная школа.

Во время Гражданской войны церковь закрыли, а ее священники исчезли. Восстановление общины произошло в 1921 году, но в 1930 году храм закрыли, а здание использовали как склад. Во время Второй мировой войны верхний этаж колокольни был разрушен.

16 июля 1991 года состоялось собрание религиозной общины, и первое богослужение прошло 19 августа 1991 года. Храм освятили 21 сентября 1991 года, и с тех пор продолжается его восстановление.