Cet édifice, situé presque au centre de Kharkiv, n'attire pas les touristes et est rarement mentionné dans les descriptions modernes de la ville. Il est difficile d'y accéder par les transports en commun. Autour se trouvent des usines, des entrepôts et des vestiges de constructions privées de l'ancien village d'Ivanovka. Cependant, on peut y croiser des enseignants de l'Université de Kharkiv, des écrivains, des poètes, des acteurs, ainsi que des défenseurs des droits de l'homme et des politiciens. Les services religieux se déroulent uniquement dans une partie du bâtiment, mais lors des fêtes chrétiennes, l'église est pleine de fidèles.

L'histoire de l'église de Saint Jean Baptiste à Kharkiv commence avec la migration des Ukrainiens de la région de Dnipro, fuyant les guerres vers les terres de Sloboda. Lors de la fondation du village d'Ivanovka sur la rivière Lopan, le régiment de Kharkiv était commandé par Ivan Sirko, un légendaire chef cosaque. Sirko est mort en 1680, et c'est cette année-là que la première église en bois d'Ivanovka a été consacrée. Il est possible que Sirko ait été le fondateur du village ou qu'il lui ait appartenu, ou que parmi les habitants se trouvaient ses compagnons, mais toutes ces hypothèses peuvent être vraies.

En 1762, l'église en bois a été restaurée, conservant son nom. Elle est associée au nom de Grigori Skovoroda, un philosophe et voyageur célèbre qui vivait à proximité. Malheureusement, la maison de Skovoroda a été démolie pendant la Perestroïka, et la ville a perdu un monument historique.

L'église en bois a tenu plus de cent ans, mais en 1879, une église en pierre du même nom a été posée, dont la construction s'est achevée en 1885. L'église est restée en dehors de la ville, et la frontière passait par la rue voisine. Le projet de l'église a été élaboré par l'architecte Fiodor Danilov dans le style néo-russe. Les fonds pour la construction ont probablement été fournis par des industriels locaux et des mécènes.

L'église a été consacrée le 3 novembre 1885. Elle avait trois autels et un cimetière paroissial sur la Montagne Chauve. Les fresques intérieures étaient ascétiques en raison du manque de fonds. Avant la Première Guerre mondiale, une école du dimanche fonctionnait près de l'église.

Pendant la guerre civile, l'église a été fermée, et ses prêtres ont disparu. La communauté a été restaurée en 1921, mais en 1930, l'église a été fermée et le bâtiment a été utilisé comme entrepôt. Pendant la Seconde Guerre mondiale, le dernier étage du clocher a été détruit.

Le 16 juillet 1991, une réunion de la communauté religieuse a eu lieu, et le premier service a eu lieu le 19 août 1991. L'église a été consacrée le 21 septembre 1991, et depuis, sa restauration se poursuit.