Dieser Tempel, der sich fast im Zentrum von Charkow befindet, zieht keine Touristen an und wird in modernen Beschreibungen der Stadt selten erwähnt. Es ist schwierig, mit öffentlichen Verkehrsmitteln dorthin zu gelangen. Umgeben von Fabriken, Lagern und Überresten der privaten Bebauung des ehemaligen Dorfes Iwanowka, kann man hier jedoch Dozenten der Charkower Universität, bekannte Schriftsteller, Dichter, Schauspieler sowie Menschenrechtsaktivisten und Politiker treffen. Die Gottesdienste finden nur in einem Teil des Gebäudes statt, aber an christlichen Feiertagen ist die Kirche überfüllt mit Gläubigen.

Die Geschichte der Kirche des Heiligen Johannes in Charkow beginnt mit der Umsiedlung von Ukrainern aus dem Dnipro-Gebiet, die vor den Kriegen in die Sloboda-Länder flohen. Bei der Gründung der Sloboda Iwanowka am Fluss Lopan wurde das Charkower Regiment von Ivan Sirko, einem legendären Kosakenführer, kommandiert. Sirko starb 1680, und dieses Jahr wird als das Jahr der Weihe der ersten hölzernen Kirche in Iwanowka angesehen. Möglicherweise war Sirko der Gründer der Sloboda oder sie gehörte ihm, oder unter den Bewohnern waren seine Gefährten, aber alle drei Annahmen könnten wahr sein.

Im Jahr 1762 wurde die hölzerne Kirche restauriert und behielt ihren Namen. Mit ihr ist der Name von Grigori Skovoroda verbunden, einem bekannten Philosophen und Reisenden, der in der Nähe lebte. Leider wurde das Haus von Skovoroda während der Perestroika abgerissen, und die Stadt verlor ein historisches Denkmal.

Die hölzerne Kirche stand über einhundert Jahre, aber 1879 wurde der Grundstein für die steinerne Kirche gleichen Namens gelegt, deren Bau 1885 abgeschlossen wurde. Die Kirche blieb außerhalb der Stadt, und die Grenze verlief entlang der benachbarten Straße. Das Projekt der Kirche wurde von dem Architekten Fjodor Danilov im neorussischen Stil entworfen. Die Mittel für den Bau wurden wahrscheinlich von lokalen Fabrikbesitzern und Mäzenen bereitgestellt.

Die Kirche wurde am 3. November 1885 geweiht. Sie hatte drei Altäre und einen Gemeindefriedhof auf dem Blindenberg. Die Innenmalereien waren aufgrund von Geldmangel bescheiden. Vor dem Ersten Weltkrieg gab es an der Kirche eine Sonntagsschule.

Während des Bürgerkriegs wurde die Kirche geschlossen, und ihre Priester verschwanden. Die Wiederherstellung der Gemeinde fand 1921 statt, aber 1930 wurde die Kirche geschlossen, und das Gebäude wurde als Lager genutzt. Während des Zweiten Weltkriegs wurde das oberste Geschoss des Glockenturms zerstört.

Am 16. Juli 1991 fand eine Versammlung der Religionsgemeinschaft statt, und der erste Gottesdienst fand am 19. August 1991 statt. Die Kirche wurde am 21. September 1991 geweiht, und seitdem wird ihre Wiederherstellung fortgesetzt.