Первое упоминание об Ильинской церкви встречается в Сотной книге 1630 года. Там говорится: «За острогом вверх по реке Сухоне в Левонтьевском конце стоит деревянная церковь Ильи Пророка, а также тёплая деревянная церковь Зосимы и Савватия Соловецких чудотворцев. В церквях находятся иконы, книги, свечи, ризы, церковные сосуды, колокола и всё мирское церковное строение, принадлежащее прихожанам». У церквей была деревянная колокольня с шестью колоколами. Строительство каменной Ильинской церкви длилось с 1695 по 1745 год. Холодный храм, второй этаж, был освящён 18 августа 1695 года в честь святого пророка Илии. Тёплый храм, первый этаж, освятили 16 июля 1745 года во имя Знамения Божией Матери. Строительство второго этажа и колокольни началось в 1736 году. В предалтарном иконостасе тёплого храма находились древние иконы: справа от царских врат, образ Знамения Божией Матери в медной посеребрённой ризе, слева, образ Зосимы и Савватия Соловецких Чудотворцев, вероятно, из деревянной церкви, а также образ Спасителя за правым клиросом и образ святого Пророка Илии, написанный в старинном киевском стиле, тоже, вероятно, из деревянной церкви. В 1918 году по решению горисполкома храм был передан под производственное предприятие. 12 марта 1930 года начали снимать колокола с колокольни, а 23 июня приступили к разборке и уничтожению иконостаса Ильинской церкви.