Церковь Флора и Лавра расположена на берегу Волги рядом с теплоходным причалом. В конце XVI века здесь стояла церковь Собора Богородицы и Флора и Лавра, которая существовала и ранее, поскольку была связана с княжескими конюшнями, вынесенными из кремля из-за нехватки места. Святые Флор и Лавр, покровители лошадей, объясняют, почему церковь находилась при конюшнях. Улица, проходившая здесь, называлась Конюшенной, по ней лошадей вели к княжескому дворцу. Она вела к восточным воротам кремля, известным как Флоровские.

Храм пережил Смутное время, и в Писцовых книгах 1663 года упоминается та же церковь при конюшнях. Она была деревянной, с трапезной и шатровой крышей, с одной главой.

В 1762 году на средства прихожан был построен каменный храм с престолами Воскресения Христова и Собора Богородицы. Придел Флора и Лавра не сохранился, но память о нем жила через храмовую икону. До революции церковь называли Воскресенской или Воскресенско-Флоровской, а в XX веке она стала известна как церковь Флора и Лавра.

Церковь построена в лучших традициях угличской архитектуры, высокая, с тремя рядами окон и небольшими куполами на тонких барабанах. Окна украшены наличниками в стиле барокко. Храм имел два этажа: верхний, «летний», и нижний, «теплый». Отдельно стоящая колокольня напоминала соборную колокольню в кремле. В верхний храм вело красивое двустороннее крыльцо с западной стороны.

В советское время церковь, украшавшая угличскую набережную, была сильно повреждена: снесли колокольню, купола, перестроили крыльцо. Обезглавленная, она стояла в парке на набережной, и в ней размещались различные учреждения, усугубившие разрушения.

В 2005 году началось восстановление храма. 9 октября 2008 года на четверике храма появились новые золотые купола, и в этом же году в нижнем храме возобновились богослужения.