L'église de Flora et Lavra est située sur les rives de la Volga, près du quai des bateaux de croisière. À la fin du XVIe siècle, il y avait ici l'église de la Nativité de la Vierge et de Flora et Lavra, qui existait auparavant, car elle était liée aux écuries princières, déplacées du kremlin en raison du manque d'espace. Les saints Flora et Lavra, patrons des chevaux, expliquent pourquoi l'église se trouvait près des écuries. La rue qui passait ici s'appelait la rue des Écuries, par laquelle les chevaux étaient conduits au palais princier. Elle menait aux portes orientales du kremlin, connues sous le nom de portes de Flora.

Le temple a survécu à l'époque troublée, et dans les livres de cadastre de 1663, la même église près des écuries est mentionnée. Elle était en bois, avec une salle à manger et un toit en forme de tente, avec une seule coupole.

En 1762, grâce aux fonds des paroissiens, un temple en pierre a été construit avec des autels de la Résurrection du Christ et de la Nativité de la Vierge. La chapelle de Flora et Lavra n'a pas survécu, mais le souvenir d'elle vivait à travers l'icône du temple. Avant la révolution, l'église était appelée l'église de la Résurrection ou l'église de la Résurrection-Flora, et au XXe siècle, elle est devenue connue sous le nom d'église de Flora et Lavra.

L'église est construite dans les meilleures traditions de l'architecture d'Ouglitch, haute, avec trois rangées de fenêtres et de petites coupoles sur de fins tambours. Les fenêtres sont ornées de linteaux de style baroque. Le temple avait deux étages : le supérieur, « d'été », et le inférieur, « chaud ». Le clocher séparé rappelait le clocher de la cathédrale du kremlin. Un beau porche à double accès menait au temple supérieur du côté ouest.

À l'époque soviétique, l'église, qui ornait la promenade d'Ouglitch, a été gravement endommagée : le clocher, les coupoles ont été démolis, et le porche a été reconstruit. Décapitée, elle se tenait dans le parc sur la promenade, et divers établissements y étaient installés, aggravant les destructions.

En 2005, la restauration du temple a commencé. Le 9 octobre 2008, de nouvelles coupoles dorées sont apparues sur le tambour du temple, et la même année, les services religieux ont repris dans le temple inférieur.