La iglesia de Flora y Lavra está situada a orillas del Volga, cerca del muelle de los barcos de pasajeros. A finales del siglo XVI, aquí se encontraba la iglesia de la Asunción de la Virgen y Flora y Lavra, que existía anteriormente, ya que estaba relacionada con los establos principescos, trasladados del kremlin por falta de espacio. Los santos Flora y Lavra, patronos de los caballos, explican por qué la iglesia estaba junto a los establos. La calle que pasaba por aquí se llamaba Establo, por ella se llevaban los caballos al palacio principesco. Conducía a las puertas orientales del kremlin, conocidas como las puertas de Flora.

El templo sobrevivió a la época de la Confusión, y en los Libros de Registro de 1663 se menciona la misma iglesia junto a los establos. Era de madera, con refectorio y techo a cuatro aguas, con una cúpula.

En 1762, con fondos de los feligreses, se construyó un templo de piedra con altares de la Resurrección de Cristo y de la Asunción de la Virgen. La capilla de Flora y Lavra no se ha conservado, pero su memoria vivió a través del ícono del templo. Antes de la revolución, la iglesia se llamaba de la Resurrección o de la Resurrección-Flora, y en el siglo XX se hizo conocida como la iglesia de Flora y Lavra.

La iglesia está construida en las mejores tradiciones de la arquitectura uglichiana, alta, con tres filas de ventanas y pequeñas cúpulas sobre delgados tambores. Las ventanas están decoradas con marcos en estilo barroco. El templo tenía dos pisos: el superior, "de verano", y el inferior, "cálido". La campanario independiente recordaba al campanario de la catedral en el kremlin. A la iglesia superior se accedía por un hermoso porche de dos lados desde el oeste.

En la época soviética, la iglesia, que adornaba el paseo marítimo de Uglich, fue gravemente dañada: se demolió el campanario, las cúpulas, se reconstruyó el porche. Decapitada, permaneció en el parque del paseo marítimo, y en ella se instalaron diversas instituciones, agravando las destrucciones.

En 2005 comenzó la restauración del templo. El 9 de octubre de 2008, aparecieron nuevas cúpulas doradas en el tambor de la iglesia, y ese mismo año se reanudaron los servicios en la iglesia inferior.