Село Кубаево расположено на реке Кенге, в 10 километрах от Юрьева. В XVI веке, согласно патриаршим книгам 1645-1647 годов, оно было вотчиной помещиков Коробовых. В 1570 году Василий Васильевич Коробов продал Кубаево Троице-Сергиевому монастырю за 600 рублей. В том же году, 3 июня, старица Александра Ситцкая приобрела село за 400 рублей, но после её смерти оно вновь стало собственностью монастыря и оставалось таковым до 1764 года. В патриарших книгах указано, что в 1593 году в селе была деревянная церковь во имя Святых Бориса и Глеба, с монастырскими иконами, книгами и свечами. При церкви находились двор попа, праскурница, просвирница, 15 крестьянских дворов и 10 бобыльских, а также 20 четьи церковной пашни и 15 колен сена.

В окладных книгах Патриаршего казённого приказа 1628 года в разделе о вотчинах Троице-Сергиева монастыря упоминается церковь Бориса и Глеба в Кубаеве с данью семь алтын и три алтына десятильничих. В 1654 году по новому письму и дозору дань увеличена до рубля и 25 алтын. В 1698 году, по благословению суздальского митрополита Илариона, прихожане построили новую деревянную церковь на месте старой. В 1788 году она была перестроена: трапеза расширена, южные паперти убраны, прорублено полукруглое окно с юга, с севера сделаны глухие паперти, в церкви появились три круглых окна, здание обшили тёсом, а главу покрыли жестью.

В 1855 году на средства прихожан началось строительство каменной церкви. В 1856 году был построен и освящён тёплый придел в честь Преподобного Сергия Радонежского, а в 1860 году завершено строительство и освящение холодной церкви с главным престолом в честь Святых Бориса и Глеба. Каменная колокольня, построенная в 1850 году, сохранилась до наших дней, хотя в советское время была закрыта и разорена, а ограда разрушена. В церкви хранится древний холщовый антиминс, освящённый в 1696 году митрополитом Илларионом.