Село Малиновка впервые упоминается в частичной переписи населения 1710 года под названием Поганка. В советское время его переименовали в честь небольшой реки, протекающей поблизости. Православный приход был основан здесь в 1785 году, а холодная однопрестольная деревянная церковь построена в 1868-1869 годах на средства прихожан. В 1930-х годах храм закрыли и переоборудовали под сельский клуб, который сгорел в 1950-х годах.

Современная каменная церковь, посвященная Богоявлению Господню, была построена в 2005-2006 годах. Она представляет собой четверик, перекрытый полуцилиндрами и украшенный луковичной главкой на низкой шейке. С восточной стороны к основному зданию примыкает полукруглая алтарная апсида, а с западной стороны расположен небольшой притвор с небольшой звонницей над ним.