Le village de Malinovka est mentionné pour la première fois dans un recensement partiel de la population de 1710 sous le nom de Poganka. À l'époque soviétique, il a été renommé d'après une petite rivière qui coule à proximité. La paroisse orthodoxe a été fondée ici en 1785, et l'église en bois à une nef a été construite en 1868-1869 grâce aux fonds des paroissiens. Dans les années 1930, le temple a été fermé et réaménagé en club rural, qui a brûlé dans les années 1950.

L'église moderne en pierre, dédiée à l'Épiphanie du Seigneur, a été construite en 2005-2006. Elle se compose d'un carré surmonté de demi-cylindres et décoré d'un bulbe sur un col bas. Du côté est, une abside altérale semi-circulaire est adjointe au bâtiment principal, tandis qu'à l'ouest se trouve un petit vestibule avec une petite cloche au-dessus.