Богоявленская церковь изначально была построена за пределами города, в Свияжской конной слободе, «за валом». По народному преданию, она считается одной из старейших церквей в Симбирске, как отмечает А. Яхонтов. Он предполагает, что одновременно с созданием Свияжской слободы и первым поселением казаков в этой местности была возведена и Богоявленская церковь. Яхонтов считает, что старая церковь, включенная в объем церкви 1898 года, представляет собой придел во имя святого Иоанна Предтечи и является первоначальной Богоявленской церковью, находившейся в Симбирской Свияжской конной слободе.

С момента основания церковь была каменной. По преданию, овраг рядом с церковью, называемый Симбиркой, возник из-за трех кирпичных сараев, где изготавливался кирпич для строительства Богоявленской церкви. Это объясняется тем, что речка Симбирка до 1800 года служила северо-западной границей города, и напротив усадьбы Дома-музея В.И. Ленина на улице Ленина, ранее Московской, в овраге на южном берегу речки в конце XVIII века находились кирпичные сараи.

Историко-мемориальное значение Богоявленской церкви связано с основанием одной из первых Свияжских слобод за городским валом. Примечательно, что в прошлом улица Московская доходила до Богоявленской церкви, и здесь заканчивалась деятельность городской управы. Продолжение улицы в сторону Свияги называлось Богоявленским съездом и находилось под управлением Губернского правления. Нынешняя улица 12 Сентября в части, примыкавшей к улице Московской, называлась Богоявленским переулком.

В 1870-1880-е годы значение Богоявленской церкви возросло, так как в непосредственной близости от нее на улице Московской в 1875-1887 годах, а также на улице Покровской в 1877-1878 годах проживала семья Ульяновых. В сентябре 1833 года мимо этой церкви проезжал А.С. Пушкин. 15 января 1886 года здесь состоялось прощание семьи Ульяновых с Ильей Николаевичем Ульяновым, скончавшимся 12 января 1886 года.