Богоявленский храм в Гончарах сейчас находится на границе исторического центра Коломны, что говорит о его прежнем расположении на окраине, а ещё раньше, за пределами города. В давние времена здесь находилось село Бабышево, принадлежавшее княгине Евдокии, супруге Дмитрия Донского. Первые упоминания о Бабышеве относятся к XIV веку. После вхождения Коломны в состав Московского княжества князь Иван Калита оставил его в наследство своей жене, что закрепило традицию передачи села жёнам великих князей. Во времена Куликовской битвы Бабышево принадлежало будущей преподобной Евфросинии, а затем её невестке Софье Витовтовне и внучке Марии Ярославне. Однако в те времена храма в Бабышеве не существовало, по крайней мере, сведений о нём не сохранилось. Вероятно, первую церковь построила следующая владелица села, Софья Палеолог, дочь последнего византийского императора и супруга Ивана III. По преданию, она долго не могла забеременеть и молилась в храмах Коломны и окрестностях, включая Троице-Сергиев монастырь, где ей явился преподобный Сергий. Вскоре после этого она родила наследника, будущего Василия III. В честь этого события и данных обетов Софья Палеолог велела построить в Бабышеве деревянную церковь, освящённую в честь Зачатия святой Анны. В XVI веке Коломна разрослась, и Бабышево стало частью Гончарной слободы, где жили гончары и кирпичники, строившие стены Коломенского кремля по приказу Василия III. С превращением села в слободу прекратилась традиция княжеского владения, и место стало епархиальной землёй. В конце XVI века деревянный храм сгорел, как и многие другие деревянные постройки. Возможно, это был не тот храм, что построила Софья Палеолог, а его "наследник", так как Гончарная слобода горела не раз. Сколько раз храм горел и восстанавливался, неизвестно, но во время одного из пожаров произошло чудо. Святитель Филарет, родившийся здесь, рассказывал, что в древние времена существовал деревянный Зачатьевский храм, в котором находилась икона Нерукотворного Образа Спасителя из деревни Митяево. После пожара, уничтожившего храм, икона чудесно сохранилась в пепле. В память об этом событии вместо сгоревшей церкви построили новую в честь Нерукотворного Образа Господня, и храм стал известен как Спасский. В 1649 году слобода официально вошла в состав Коломенского посада. Богоявленская церковь оставалась одним из немногих храмов, где богослужения не прерывались даже в самые тяжёлые времена для Церкви и страны. После Великой Отечественной войны храм получил статус кафедрального собора Крутицкой и Коломенской епархии, так как большинство храмов к тому времени были закрыты. В этом тихом районе подмосковного города продолжалась молитвенная жизнь, и московские архиереи служили здесь, в храме, ставшем духовной родиной для одного из выдающихся деятелей Русской Церкви.