Die Epiphaniekirche in Gonchar befindet sich heute an der Grenze des historischen Zentrums von Kolomna, was auf ihre frühere Lage am Stadtrand hinweist, und noch früher außerhalb der Stadt. In alten Zeiten gab es hier das Dorf Babyshevo, das der Fürstin Jefdokija, der Frau von Dmitri Donskoi, gehörte. Die ersten Erwähnungen von Babyshevo stammen aus dem 14. Jahrhundert. Nach dem Beitritt Kolomnas zum Moskauer Fürstentum hinterließ Fürst Ivan Kalita es seiner Frau als Erbe, was die Tradition der Übertragung des Dorfes an die Frauen der Großfürsten festigte. Zur Zeit der Schlacht von Kulikovo gehörte Babyshevo der zukünftigen Heiligen Eufrosinia, dann ihrer Schwiegertochter Sofia Vitovtovna und ihrer Enkelin Maria Jaroslavna. Allerdings gab es damals keine Kirche in Babyshevo, zumindest sind keine Informationen darüber erhalten geblieben. Wahrscheinlich wurde die erste Kirche von der nächsten Besitzerin des Dorfes, Sofia Palaiologos, der Tochter des letzten byzantinischen Kaisers und Frau von Ivan III., erbaut. Der Legende nach konnte sie lange Zeit nicht schwanger werden und betete in den Kirchen von Kolomna und Umgebung, einschließlich des Dreifaltigkeits-Sergius-Klosters, wo ihr der heilige Sergius erschien. Kurz darauf gebar sie einen Erben, den zukünftigen Wladimir III. Zu Ehren dieses Ereignisses und ihrer Gelübde ließ Sofia Palaiologos eine hölzerne Kirche in Babyshevo errichten, die zu Ehren der Empfängnis der heiligen Anna geweiht wurde. Im 16. Jahrhundert wuchs Kolomna, und Babyshevo wurde Teil der Gonchar-Siedlung, wo Töpfer und Ziegelmacher lebten, die auf Befehl von Wladimir III. die Mauern des Kolomna-Kremls errichteten. Mit der Umwandlung des Dorfes in eine Siedlung endete die Tradition des Fürstlichen Eigentums, und der Ort wurde zum Bistumsgelände. Ende des 16. Jahrhunderts brannte die hölzerne Kirche nieder, wie viele andere hölzerne Gebäude. Möglicherweise war dies nicht die Kirche, die Sofia Palaiologos erbaut hatte, sondern ihr „Nachfolger“, da die Gonchar-Siedlung nicht zum ersten Mal brannte. Wie oft die Kirche brannte und wiederhergestellt wurde, ist unbekannt, aber während eines der Brände geschah ein Wunder. Der Heilige Filaret, der hier geboren wurde, erzählte, dass es in alten Zeiten eine hölzerne Kirche der Empfängnis gab, in der das Ikone des Ungeschaffenen Bildes des Heilands aus dem Dorf Mityaevo aufbewahrt wurde. Nach dem Brand, der die Kirche zerstörte, blieb die Ikone auf wunderbare Weise in der Asche erhalten. Zur Erinnerung an dieses Ereignis wurde anstelle der verbrannten Kirche eine neue zu Ehren des Ungeschaffenen Bildes des Herrn erbaut, und die Kirche wurde als Spasskaja bekannt. Im Jahr 1649 trat die Siedlung offiziell in die Stadt Kolomna ein. Die Epiphaniekirche blieb eine der wenigen Kirchen, in denen die Gottesdienste selbst in den schwierigsten Zeiten für die Kirche und das Land nicht unterbrochen wurden. Nach dem Großen Vaterländischen Krieg erhielt die Kirche den Status einer Kathedrale der Kruitzi- und Kolomna-Diözese, da die meisten Kirchen zu diesem Zeitpunkt geschlossen waren. In diesem ruhigen Viertel der Stadt Moskau setzte das Gebetsleben fort, und die Moskauer Bischöfe dienten hier in der Kirche, die zur spirituellen Heimat eines der herausragenden Persönlichkeiten der Russischen Kirche wurde.