Богоявленский пятиглавый каменный храм был возведен в XVII веке. Известно, что в 1757 году, вместе с возведением монастырской ограды, вход в Богоявленскую церковь был «закладен». В 1763 году церковь пострадала от пожара, но не полностью, так как средства собирались только на восстановление иконостаса, который был обновлен в 1848 году на средства рязанского купца Феодора Прокопьевича Филатова. В этой церкви, как считал С.Д. Яхонтов, сохранилась Московская архитектура, и колокольня с «слухами». В трапезной находились два придела: Покрова Пресвятой Богородицы и святого евангелиста Иоанна Богослова. Первый придел был устроен в 1647 году и освящен 14 июля преосвященным Моисеем. В Покровском приделе был отремонтирован пол, а сам придел обновлен в 1848 году на средства купца И.В. Осьминина. Второй придел был устроен в 1779 году статским советником и кавалером М.К. Васильевым и освящен преосвященным Симоном Лаговым.

В 1855 году губернскому архитектору Воронихину поручили осмотреть новый иконостас в приделе апостола и евангелиста Иоанна Богослова, созданный на средства надворной советницы госпожи Почтеновой рязанским цеховым Василием Любомировым. Воронихин в своем отчете отметил, что, хотя иконостас был выполнен с отступлением от утвержденного архиепископом Рязанским Гавриилом Городковым плана, «вся работа и устройство иконостаса достигает вполне благолепию храма и местности его». Современным языком, иконостас был хорош, а отступления сделаны по просьбе устроительницы. Единственное замечание касалось образа Марии Магдалины, который не соответствовал церковным канонам. К XX веку этот придел не сохранился. В 1888 году Рязанские епархиальные ведомости сообщили об освящении обновленного Богоявленского храма Спасского мужского монастыря, которое состоялось 16 октября. Божественную литургию совершали высокопреосвященный Феоктист, архиепископ Рязанский и Зарайский, и Феодосий, викарий, епископ Михайловский. С храмом связана шатровая колокольня с шестью колоколами. На двух из них были надписи. На одном значилось, что колокол был отлит в 1647 году при царе Алексее Михайловиче и посвящен Всемилостивому Спасу. На втором колоколе, отлитом в 1641 году, была надпись о его пожертвовании старцем Ионой, прозванным Журавлем. Эти колокола были сняты после революции 1917 года, так как их звон якобы мешал трудовому люду. Мало кто знает, что во второй половине XVII века в монастыре была церковь над воротами во имя Варлаама Хутынского, освященная 17 июня 1679 года митрополитом московским Иосифом. Она существовала недолго, так как в 1692 году, после обрушения Успенского собора, пострадала и Варлаамовская церковь и больше не восстанавливалась.

После революции в Богоявленском храме размещались различные организации, а с 60-х годов там находился архив ЗАГС. В 2007 году Спасо-Преображенский собор и Богоявленский храм были возвращены монастырю, но архивы покинули эти помещения только год спустя. В период с 2008 по 2017 годы были проведены реставрационные работы по фасадам, барабанам и главкам.