L'église à cinq dômes de l'Épiphanie a été construite au XVIIe siècle. On sait qu'en 1757, avec l'élévation de la clôture du monastère, l'entrée de l'église de l'Épiphanie a été « scellée ». En 1763, l'église a été endommagée par un incendie, mais pas complètement, car des fonds étaient uniquement collectés pour la restauration de l'iconostase, qui a été renouvelée en 1848 grâce aux moyens du marchand de Riazan, Théodore Prokopievitch Filatov. Dans cette église, comme le pensait S.D. Yakhontov, l'architecture moscovite était préservée, ainsi que le clocher avec des « oreilles ». Dans le réfectoire, il y avait deux chapelles : celle de la Protection de la Sainte Vierge et celle de l'évangéliste saint Jean. La première chapelle a été aménagée en 1647 et consacrée le 14 juillet par l'évêque Moïse. Dans la chapelle de la Protection, le sol a été rénové, et la chapelle elle-même a été mise à jour en 1848 grâce aux fonds du marchand I.V. Osminin. La seconde chapelle a été aménagée en 1779 par le conseiller d'État et chevalier M.K. Vassiliev et consacrée par l'évêque Simon Lagov.

En 1855, l'architecte provincial Voronikhine a été chargé d'examiner le nouvel iconostase dans la chapelle de l'apôtre et évangéliste saint Jean, créé grâce aux fonds de la conseillère de cour Madame Pochténova par le maître de Riazan Vassili Lioubomirov. Voronikhine a noté dans son rapport que, bien que l'iconostase ait été réalisé en dérogeant au plan approuvé par l'archevêque de Riazan Gabriel Gorodkov, « tout le travail et l'aménagement de l'iconostase atteignent tout à fait la splendeur du temple et de son environnement ». En termes modernes, l'iconostase était beau, et les dérogations avaient été faites à la demande de l'organisatrice. La seule remarque concernait l'image de Marie Madeleine, qui ne correspondait pas aux canons de l'Église. Au XXe siècle, cette chapelle n'a pas été conservée. En 1888, les nouvelles diocésaines de Riazan ont annoncé la consécration du temple rénové de l'Épiphanie du monastère masculin de Spassky, qui a eu lieu le 16 octobre. La divine liturgie a été célébrée par l'archevêque très révérend Théoctiste, archevêque de Riazan et de Zaraysk, et Théodose, vicaire, évêque de Mikhaylovsk. Le temple est associé à un clocher à toit en tente avec six cloches. Deux d'entre elles portaient des inscriptions. L'une indiquait que la cloche avait été fondue en 1647 sous le règne du tsar Alexeï Mikhaïlovitch et dédiée au Sauveur Tout-Miséricordieux. Sur la seconde cloche, fondue en 1641, il y avait une inscription sur son don par le moine Ion, surnommé Grue. Ces cloches ont été retirées après la révolution de 1917, car leur son était censé déranger le peuple travailleur. Peu de gens savent qu'au cours de la seconde moitié du XVIIe siècle, il y avait dans le monastère une église au-dessus des portes dédiée à Varlaam de Khoutyn, consacrée le 17 juin 1679 par le métropolite de Moscou Joseph. Elle n'a pas duré longtemps, car en 1692, après l'effondrement de la cathédrale de l'Assomption, l'église de Varlaam a également été endommagée et n'a plus été restaurée.

Après la révolution, diverses organisations ont été installées dans l'église de l'Épiphanie, et depuis les années 60, elle abritait l'archive de l'état civil. En 2007, la cathédrale Spaso-Transfiguration et l'église de l'Épiphanie ont été restituées au monastère, mais les archives ont quitté ces locaux seulement un an plus tard. Entre 2008 et 2017, des travaux de restauration ont été réalisés sur les façades, les tambours et les dômes.