La iglesia de cinco cúpulas de la Epifanía fue construida en el siglo XVII. Se sabe que en 1757, junto con la construcción de la cerca del monasterio, la entrada a la iglesia de la Epifanía fue "sellada". En 1763, la iglesia sufrió un incendio, pero no completamente, ya que los fondos se recaudaban solo para la restauración del iconostasio, que fue renovado en 1848 con los fondos del comerciante ryazano Feodor Prokopyevich Filatov. En esta iglesia, como creía S.D. Yakhontov, se conservaba la arquitectura moscovita, y el campanario con "escuchas". En el refectorio había dos capillas: la de la Protección de la Santísima Virgen y la del evangelista San Juan. La primera capilla fue establecida en 1647 y consagrada el 14 de julio por el obispo Moisés. En la capilla de la Protección se reparó el suelo, y la capilla misma fue renovada en 1848 con los fondos del comerciante I.V. Osminin. La segunda capilla fue establecida en 1779 por el consejero estatal y caballero M.K. Vasilyev y consagrada por el obispo Simón Lagov.

En 1855, se encargó al arquitecto provincial Voronikhín que inspeccionara el nuevo iconostasio en la capilla del apóstol y evangelista San Juan, creado con los fondos de la consejera de la corte, señora Pochténova, por el artesano ryazano Vasily Lyubomirov. Voronikhín, en su informe, señaló que, aunque el iconostasio se había realizado con desviaciones del plan aprobado por el arzobispo ryazano Gavriil Gorodkov, "todo el trabajo y la disposición del iconostasio alcanzan plenamente la magnificencia del templo y su entorno". En lenguaje moderno, el iconostasio era bueno, y las desviaciones se hicieron a petición de la organizadora. La única observación se refería a la imagen de María Magdalena, que no cumplía con los cánones de la iglesia. Para el siglo XX, esta capilla no se había conservado. En 1888, los boletines diocesanos de Ryazan informaron sobre la consagración del renovado templo de la Epifanía del monasterio masculino Spassky, que tuvo lugar el 16 de octubre. La divina liturgia fue celebrada por el alto arzobispo Feoktist, arzobispo de Ryazan y Zaraysk, y Teodosio, vicario, obispo de Mikhailovsky. El templo está asociado con un campanario de cúpula con seis campanas. En dos de ellas había inscripciones. En una se indicaba que la campana fue fundida en 1647 durante el reinado de Alexei Mikhailovich y dedicada al Salvador Misericordioso. En la segunda campana, fundida en 1641, había una inscripción sobre su donación por el anciano Iona, apodado Grulla. Estas campanas fueron retiradas después de la revolución de 1917, ya que su sonido supuestamente molestaba al pueblo trabajador. Pocos saben que en la segunda mitad del siglo XVII había en el monasterio una iglesia sobre las puertas en honor a Varlaam de Khutyn, consagrada el 17 de junio de 1679 por el metropolitano de Moscú, Iosif. No existió mucho tiempo, ya que en 1692, tras el colapso de la catedral de la Asunción, la iglesia de Varlaam también sufrió y no fue restaurada.

Después de la revolución, en la iglesia de la Epifanía se alojaron diversas organizaciones, y desde los años 60 allí se encontraba el archivo del registro civil. En 2007, la catedral Spaso-Preobrazhensky y la iglesia de la Epifanía fueron devueltas al monasterio, pero los archivos abandonaron estos locales solo un año después. Entre 2008 y 2017 se llevaron a cabo trabajos de restauración en las fachadas, tambores y cúpulas.