С 1688 года Федоровский монастырь неоднократно посещали царь Петр Первый и члены его семьи, принося щедрые дары. В это время на Плещеевом озере, на берегу которого расположен Переславль-Залесский, строилась потешная флотилия, ставшая началом Российского флота. В 1692 году в монастырь поступила Наталия Взимкова, дочь дьяка Оружейной палаты, которая воспитывалась вместе с Петром Первым. Она стала настоятельницей монастыря, и в ее период был возведен Введенский храм, несмотря на запрет Петра на каменные постройки вне Петербурга.

В 1710 году на средства Петра Первого и его сестры Натальи Алексеевны в монастыре был построен Введенский храм с двумя приделами: во имя иконы Божией Матери "Знамение" и в честь святых мучеников Андриана и Наталии. Церковь была возведена на месте старой каменной, разобранной из-за ветхости. В храме находились уникальные резные Царские врата 18 века, которые сейчас хранятся в Переславском музее. Здесь были похоронены схимонах Сергий, монахиня Агафия Федоровна Ягужинская и генерал Павел Семенович Соловьев.

Церковь представляет собой одноглавый четверик с трапезной палатой и боковыми приделами. У храма три апсиды, украшенные полуколонками. Четверик венчает одна глава, а над трапезной расположена еще одна, меньшая. Стены церкви украшены наличниками, характерными для того времени, а окна-люкарны на крыше подчеркивают век постройки. В 1808 году крыша была покрыта железными листами.

В советское время Федоровский монастырь, как и многие другие, был закрыт. Его преобразовали в сельхозартель, а в середине 1920-х годов закрыли окончательно. Последнюю настоятельницу, Олимпиаду Георгиевскую, арестовали. После освобождения она жила в сторожке на территории монастыря, где находился дом престарелых.

С закрытием монастыря была закрыта и Введенская церковь. Уникальные росписи погибли из-за влажности, так как в здании устроили баню и прачечную. К моменту возвращения здания церкви Русской Православной Церкви в 1998 году, оно находилось в плачевном состоянии: стены треснули, фундамент разрушался, крыша протекала. Когда в монастыре размещался Институт программных систем РАН, планировалось перестроить помещение церкви под клуб, но не успели. В 1998 году монастырь был возвращен Русской Православной Церкви.

19 апреля 1998 года, в первый день Пасхи, в Введенской церкви состоялась первая литургия после ремонта. Сейчас в храме ежедневно проходят богослужения. Здесь находится чудотворная Андрониковская икона Божией Матери, названная в честь греческого императора Андроника Третьего Палеолога. В Россию она попала при Николае Первом, сначала хранилась в Зимнем дворце, затем в Троицком соборе Санкт-Петербурга, где была очень почитаема. Известны случаи прозрения слепых. После революции 1917 года икона находилась в Казанском женском монастыре в Вышнем Волочке, а ныне она размещена в Введенском храме в деревянном киоте.