Алексеевский храм был третьим по значимости в монастыре, как по размерам, так и по времени постройки. Он располагался над воротами и завершал ансамбль с восточной стороны, противоположной Всехсвятской церкви. Построенный в 1720 году, через 40 лет после Всехсвятской, храм представлял собой изящное многоярусное сооружение, характерное для конца XVII, начала XVIII веков. Высокий и узкий, как сторожевая башня, он не уступал по высоте Успенской и Всехсвятской церквям, хотя занимал значительно меньшую площадь.

В то время в русском церковном зодчестве каменные шатры уступали место таким "лествицам в небо", высотным ступенчатым храмам и колокольням. Эти изумительные силуэты до сих пор радуют паломников в различных монастырях России. Часто их строили над вратами обителей, как, например, в Троице-Сергиевой лавре, где часовня над кладезем напоминает Алексеевский храм, но более богато украшена.

Алексеевский храм имел сходство с церковью Даниила Столпника в Даниловом монастыре Москвы, построенной в то же время. Ближе аналог можно найти в Раифе, где храм святых мучениц Веры, Надежды, Любви и матери их Софии дает представление о несохранившейся зилантовской церкви. Оба храма стояли над входными вратами, которые позже были заделаны.

Храм представлял собой столпообразный четверик в два этажа. Внизу находилась арка ворот, а наверху, сам храм с полукруглым алтарем, нависающим над воротами. Над четвериком возвышались два восьмерика, верхний из которых был совсем маленьким и назывался "фонарем". Завершал сооружение купол на высоком барабане. Внутри храм окружала галерея, а узкая лестница вела внутрь. В XVIII веке внутренний вид храма неизвестен. Из-за небольших размеров он был неудобен для богослужений и сильно обветшал, поэтому в 1829-1830 годах его обновили, полностью заложив ворота. По отчету 1739 года, при храме был придел во имя преподобного Герасима Иорданского.

Описание икон и святынь после ремонта сохранилось в монастырской описи 1832 года. Все реликвии остались прежними, старыми. Среди икон упоминаются образ Божией Матери "Утоли моя печали", иконы святых Бориса и Глеба и Великомученицы Варвары. В церкви было всего пять медных лампад. В 1829 году над храмом устроили придел во имя Виленской иконы Божией Матери. Это необычное размещение, так как обычно главный храм находится на втором этаже, а придел на первом. Здесь же верхний придел был крошечным и вмещал лишь несколько человек, которые поднимались по узкой винтовой лестнице. Вероятно, он использовался как исповедальня, подобно маленькому Софийскому храму Раифского монастыря.

Под двумя престолами, на месте заложенных ворот, была устроена братская трапезная, капитально обновленная в 1894 году при архимандрите Антонии. В этой маленькой ступенчатой башне разместились три помещения на разных уровнях: два престола и трапеза. Несмотря на то, что многие храмы в России были упразднены в XVIII-XIX веках, этот храм пережил революцию и простоял до 1920-х годов.