La iglesia de Alexio fue la tercera en importancia en el monasterio, tanto por su tamaño como por el tiempo de construcción. Se ubicaba sobre las puertas y completaba el conjunto en el lado este, opuesto a la iglesia de Todos los Santos. Construida en 1720, 40 años después de la iglesia de Todos los Santos, la iglesia era una elegante estructura de varios niveles, característica de finales del siglo XVII y principios del XVIII. Alta y estrecha, como una torre de vigilancia, no le cedía en altura a las iglesias de la Asunción y de Todos los Santos, aunque ocupaba una superficie significativamente menor.

En ese tiempo, en la arquitectura religiosa rusa, las torres de piedra cedían el lugar a tales "escaleras al cielo", templos y campanarios escalonados de gran altura. Estas asombrosas siluetas aún deleitan a los peregrinos en varios monasterios de Rusia. A menudo se construían sobre las puertas de los monasterios, como, por ejemplo, en el Monasterio de la Trinidad de San Sergio, donde la capilla sobre el manantial recuerda a la iglesia de Alexio, pero está más ricamente decorada.

La iglesia de Alexio tenía similitudes con la iglesia de Daniel el Estilita en el monasterio de Danilov en Moscú, construida en la misma época. Un paralelo más cercano se puede encontrar en Raifa, donde la iglesia de las santas mártires Fe, Esperanza, Amor y su madre Sofía da una idea de la iglesia zilan que no se ha conservado. Ambas iglesias estaban sobre las puertas de entrada, que luego fueron selladas.

La iglesia era un cuadrado en forma de pilar de dos pisos. Abajo había un arco de puerta, y arriba, la propia iglesia con un altar semicircular que sobresalía sobre las puertas. Sobre el cuadrado se elevaban dos octogonales, el superior de los cuales era muy pequeño y se llamaba "farol". La estructura se completaba con una cúpula sobre un alto tambor. En el interior, la iglesia estaba rodeada por una galería, y una estrecha escalera conducía al interior. En el siglo XVIII, el aspecto interior de la iglesia es desconocido. Debido a sus pequeñas dimensiones, era incómoda para los servicios religiosos y se había deteriorado mucho, por lo que en 1829-1830 fue renovada, sellando completamente las puertas. Según un informe de 1739, había un altar en nombre del venerable Gerasimo de Jordania.

La descripción de los íconos y reliquias después de la renovación se conserva en el inventario del monasterio de 1832. Todas las reliquias permanecieron como antes, antiguas. Entre los íconos se mencionan la imagen de la Madre de Dios "Alivia mis penas", los íconos de los santos Boris y Gleb y la Gran Mártir Bárbara. En la iglesia había solo cinco lámparas de cobre. En 1829, sobre la iglesia se estableció un altar en nombre del ícono de la Madre de Dios de Vilna. Esta disposición es inusual, ya que normalmente la iglesia principal se encuentra en el segundo piso y el altar en el primero. Aquí, el altar superior era diminuto y solo albergaba a unas pocas personas, que subían por una estrecha escalera de caracol. Probablemente, se utilizaba como confesionario, similar a la pequeña iglesia de Sofía en el monasterio de Raifa.

Bajo dos altares, en el lugar de las puertas selladas, se organizó un refectorio para los hermanos, completamente renovado en 1894 bajo el archimandrita Antonio. En esta pequeña torre escalonada se ubicaron tres habitaciones en diferentes niveles: dos altares y el refectorio. A pesar de que muchas iglesias en Rusia fueron suprimidas en los siglos XVIII y XIX, esta iglesia sobrevivió a la revolución y permaneció en pie hasta la década de 1920.