L'église d'Alexis était la troisième en importance dans le monastère, tant par sa taille que par son époque de construction. Elle était située au-dessus des portes et complétait l'ensemble du côté est, opposé à l'église de Tous les Saints. Construite en 1720, quarante ans après l'église de Tous les Saints, l'église était un élégant bâtiment à plusieurs niveaux, caractéristique de la fin du XVIIe et du début du XVIIIe siècle. Haute et étroite, comme une tour de guet, elle n'était pas inférieure en hauteur aux églises de l'Assomption et de Tous les Saints, bien qu'elle occupât une surface beaucoup plus petite.

À cette époque, dans l'architecture religieuse russe, les coupoles en pierre cédaient la place à des "escaliers vers le ciel", des églises et des clochers à étages. Ces silhouettes étonnantes réjouissent encore les pèlerins dans divers monastères de Russie. Souvent, elles étaient construites au-dessus des portes des monastères, comme par exemple à la laure de la Trinité-Saint-Serge, où la chapelle au-dessus de la source rappelle l'église d'Alexis, mais est plus richement ornée.

L'église d'Alexis ressemblait à l'église de Daniel le Stylite dans le monastère de Danilov à Moscou, construite à la même époque. Un analogue plus proche peut être trouvé à Raïfa, où l'église des saintes martyres Foi, Espérance, Charité et leur mère Sophie donne une idée de l'église zilan qui n'a pas été conservée. Les deux églises se trouvaient au-dessus des portes d'entrée, qui ont ensuite été murées.

L'église était un cube en forme de pilier sur deux étages. En bas se trouvait l'arc des portes, et au-dessus, l'église elle-même avec un autel semi-circulaire, surplombant les portes. Au-dessus du cube s'élevaient deux octogones, le supérieur étant très petit et appelé "lanterne". Le bâtiment était couronné d'un dôme sur un haut tambour. À l'intérieur, l'église était entourée d'une galerie, et un escalier étroit menait à l'intérieur. Au XVIIIe siècle, l'aspect intérieur de l'église est inconnu. En raison de ses petites dimensions, elle était inconfortable pour les services religieux et était très délabrée, c'est pourquoi elle a été rénovée en 1829-1830, les portes étant complètement murées. Selon un rapport de 1739, il y avait une chapelle dédiée au vénérable Gérasime de Jordanie.

La description des icônes et des reliques après la rénovation a été conservée dans l'inventaire monastique de 1832. Toutes les reliques sont restées anciennes. Parmi les icônes, on mentionne l'image de la Mère de Dieu "Soulage mes peines", les icônes des saints Boris et Gleb et de la grande martyre Barbara. L'église ne comptait que cinq lampes en cuivre. En 1829, une chapelle a été aménagée au-dessus de l'église au nom de l'icône de la Mère de Dieu de Vilnius. C'est un aménagement inhabituel, car généralement, l'église principale se trouve au deuxième étage, et la chapelle au premier. Ici, la chapelle supérieure était minuscule et ne pouvait accueillir que quelques personnes, qui montaient par un étroit escalier en colimaçon. Probablement, elle était utilisée comme confessionnal, semblable à la petite église de Sophie du monastère de Raïfa.

Sous deux autels, à l'emplacement des portes murées, une salle à manger fraternelle a été aménagée, complètement rénovée en 1894 sous l'archimandrite Antoine. Dans cette petite tour à étages se trouvaient trois pièces à différents niveaux : deux autels et la salle à manger. Bien que de nombreuses églises en Russie aient été supprimées aux XVIIIe et XIXe siècles, cette église a survécu à la révolution et a tenu jusqu'aux années 1920.