Благовещенский женский монастырь был основан в начале XVII века, с первым упоминанием в 1614 году, и располагался на территории Белого города. После упразднения Вознесенского мужского монастыря в 1706 году обитель была перенесена на его территорию, где уже стоял каменный Благовещенский храм, освящённый в 1699 году. В начале XVII века к храму добавили придел в честь Мученицы Параскевы Пятницы. В 1722 году из Кремля на территорию монастыря перенесли древнюю деревянную воеводскую церковь в честь Апостола Иоанна Богослова, где был устроен придел для иконы Божией Матери «Живоносный источник». Позже церковь перестроили в камне на средства епископа Мефодия и освятили 19 марта 1765 года. Во второй половине XIX века, из-за ветхости, церковь была значительно перестроена и вновь освящена 30 октября 1865 года. Для иконы Божией Матери «Живоносный источник» построили отдельную часовню, куда поместили чудотворный образ.

В 1778 году игуменья Маргарита устроила небольшую каменную часовню в юго-восточном углу монастыря, где была размещена почитаемая астраханцами икона Святителя Николая Чудотворца. К концу XIX века часовня обветшала и почти разрушилась. В 1900 году, по благословению игуменьи Зинаиды, часовню разобрали и начали строительство новой, освящённой в феврале 1901 года.

В начале XX века на приобретённом у города участке земли была воздвигнута новая монастырская колокольня, строительство которой завершилось в сентябре 1907 года.

Притеснения монастыря начались в конце 1918 года, а окончательно он был закрыт в 1922 году. В 1929 году здание Иоанно-Богословской церкви, вместе с часовней «Живоносный источник», было продано под слом на кирпич. 22 апреля 1930 года приняли решение о сносе Благовещенского собора, тогда же разрушили и монастырскую колокольню.

В 1949 году большая часть монастыря была передана Астраханскому облвоенкомату, который и сейчас там располагается. В одноэтажных деревянных кельях на северной и восточной части обители теперь находится частный жилой фонд. Часовня Святителя Николая долгое время находилась под квартирой, но сохранилась, как и большая часть монастырской стены, хотя её состояние оставляет желать лучшего. У стен монастыря на улице Калинина установлен поклонный крест в честь преподобных Мефодия и Кирилла.