Храм в честь святых князей Бориса и Глеба находится в старинной части Коломны, известной как Запруды, где раньше жили купцы и ремесленники. Первое упоминание о храме встречается в документах XVI века. До XVII века он был деревянным. Храмовая икона XIV века «Святые Борис и Глеб с житием» сейчас хранится в Государственной Третьяковской галерее.

Каменный храм был возведен в 1716-1726 годах неизвестным архитектором в стиле русского барокко на средства местных жителей К. Житникова и Н. Набокова. Во второй половине XVIII века и начале XIX века храм был перестроен: добавили трапезную в честь праведных Захарии и Елисаветы. Пятиглавие на тонких световых барабанах сохранилось, но главы были расставлены по углам. Оконные наличники упростили, а к южному пределу пристроили крыльцо с колоннами. Недалеко от храма находился дом, где родился писатель И.И. Лажечников, крещенный в этой церкви. Вероятно, его семья была прихожанами храма. Известно, что в начале XX века Борисоглебский храм часто посещал Ф.И. Шаляпин, которому нравилась его акустика. При храме работала церковно-приходская школа.

В советское время здание храма использовалось как ремонтные мастерские и склады. Во время Великой Отечественной войны здесь ремонтировали танки. Церковь сильно пострадала: колокольню разрушили, малые купола сбили, настенные росписи закрасили, утварь разграбили, а в трапезной пробили стену для въезда танков. Пол был поврежден ямой для ремонта техники. Храм ветшал и разрушался, за его состоянием никто не следил. Пытались даже сделать второй этаж в четверике Борисоглебского придела, и до сих пор не демонтированы рельсы для перекрытий из-за сложности и дороговизны работ.

В 1995 году храм вернули верующим, началось его восстановление. В 2007 году завершили наружную отделку четверика, он был оштукатурен и выкрашен в красный цвет, символизирующий мученичество. В преддверии Дня славянской письменности и культуры и накануне престольного праздника храма 13 мая 2007 года на купола водрузили позолоченные кресты. В Захарие-Елисаветинском приделе, благодаря благотворителям Глебу и Илии, установили двухъярусный резной иконостас. В алтаре появились престол и жертвенник, а также вся необходимая утварь для богослужений. Осенью того же года в Захарие-Елисаветинском приделе начали проводить службы.