El templo en honor a los santos príncipes Boris y Gleb se encuentra en la parte antigua de Kolomna, conocida como Zaprudy, donde antes vivían comerciantes y artesanos. La primera mención del templo aparece en documentos del siglo XVI. Hasta el siglo XVII era de madera. La icono del templo del siglo XIV "Santos Boris y Gleb con su vida" se conserva actualmente en la Galería Tretyakov del Estado.

El templo de piedra fue construido entre 1716 y 1726 por un arquitecto desconocido en estilo barroco ruso con fondos de los habitantes locales K. Zhitnikov y N. Nabokov. En la segunda mitad del siglo XVIII y principios del siglo XIX, el templo fue remodelado: se añadió un refectorio en honor a los justos Zacarías y Elisabet. La cúpula de cinco cabezas sobre delgados tambores de luz se ha conservado, pero las cabezas fueron colocadas en las esquinas. Los marcos de las ventanas se simplificaron, y se añadió un pórtico con columnas al límite sur. Cerca del templo se encontraba la casa donde nació el escritor I.I. Lazhechnikov, quien fue bautizado en esta iglesia. Es probable que su familia fuera feligresa del templo. Se sabe que a principios del siglo XX, el templo Borisoglebsky fue visitado con frecuencia por F.I. Shalyapin, a quien le gustaba su acústica. En el templo funcionaba una escuela parroquial.

En la época soviética, el edificio del templo se utilizó como talleres de reparación y almacenes. Durante la Gran Guerra Patriótica, aquí se reparaban tanques. La iglesia sufrió gravemente: el campanario fue destruido, las pequeñas cúpulas fueron derribadas, los frescos de las paredes fueron pintados, los utensilios fueron saqueados, y en el refectorio se abrió una pared para el ingreso de tanques. El suelo fue dañado por un agujero para reparar la técnica. El templo se deterioraba y se destruía, nadie cuidaba su estado. Incluso intentaron hacer un segundo piso en el cuadrado del altar Borisoglebsky, y hasta ahora no se han desmontado las vías para los techos debido a la complejidad y el alto costo de los trabajos.

En 1995, el templo fue devuelto a los creyentes, comenzando su restauración. En 2007 se completó el acabado exterior del cuadrado, fue enlucido y pintado de rojo, simbolizando el martirio. En vísperas del Día de la Escritura y Cultura Eslava y antes de la festividad del templo el 13 de mayo de 2007, se colocaron cruces doradas en las cúpulas. En el altar de Zacarías y Elisabet, gracias a los benefactores Gleb e Ilia, se instaló un iconostasio tallado de dos niveles. En el altar aparecieron el altar y el sacrificio, así como todos los utensilios necesarios para los servicios. En el otoño de ese mismo año, comenzaron a celebrarse servicios en el altar de Zacarías y Elisabet.