Le temple en l'honneur des saints princes Boris et Gleb se trouve dans la vieille partie de Kolomna, connue sous le nom de Zaprudy, où vivaient autrefois des marchands et des artisans. La première mention du temple apparaît dans des documents du XVIe siècle. Jusqu'au XVIIe siècle, il était en bois. L'icône du temple du XIVe siècle « Saints Boris et Gleb avec la vie » est actuellement conservée à la Galerie Tretiakov.

Le temple en pierre a été construit entre 1716 et 1726 par un architecte inconnu dans le style baroque russe grâce aux fonds des habitants locaux K. Zhitnikov et N. Nabokov. Dans la seconde moitié du XVIIIe siècle et au début du XIXe siècle, le temple a été reconstruit : une salle à manger a été ajoutée en l'honneur des justes Zacharie et Élisabeth. La coupole à cinq têtes sur de fins tambours lumineux a été conservée, mais les têtes ont été placées aux coins. Les encadrements de fenêtres ont été simplifiés, et un porche avec des colonnes a été ajouté à la limite sud. Non loin du temple se trouvait la maison où est né l'écrivain I.I. Lazhechnikov, baptisé dans cette église. Il est probable que sa famille était paroissienne du temple. On sait qu'au début du XXe siècle, le temple Borisoglebsky était souvent visité par F.I. Chaliapin, qui appréciait son acoustique. Une école paroissiale fonctionnait près du temple.

À l'époque soviétique, le bâtiment du temple a été utilisé comme ateliers de réparation et entrepôts. Pendant la Grande Guerre patriotique, des tanks y étaient réparés. L'église a beaucoup souffert : le clocher a été détruit, les petites coupoles ont été abattues, les fresques murales ont été recouvertes, le matériel a été pillé, et un mur a été percé dans la salle à manger pour le passage des tanks. Le sol a été endommagé par un trou pour la réparation de la technique. Le temple se dégradait et s'effondrait, personne ne surveillait son état. On a même tenté de faire un deuxième étage dans le carré du chapelle Borisoglebsky, et les rails pour les plafonds n'ont pas encore été démontés en raison de la complexité et du coût des travaux.

En 1995, le temple a été restitué aux croyants, et sa restauration a commencé. En 2007, la finition extérieure du carré a été achevée, il a été enduit et peint en rouge, symbolisant le martyre. À l'approche de la Journée de l'écriture et de la culture slaves et à la veille de la fête patronale du temple le 13 mai 2007, des croix dorées ont été installées sur les coupoles. Dans la chapelle Zacharie-Élisabeth, grâce aux bienfaiteurs Gleb et Ilia, un iconostase sculpté à deux niveaux a été installé. Dans le sanctuaire, un autel et un autel de sacrifice sont apparus, ainsi que tout le matériel nécessaire pour les services religieux. À l'automne de la même année, des services ont commencé à être célébrés dans la chapelle Zacharie-Élisabeth.