Более четырехсот лет назад на этом месте стояла деревянная церковь, посвященная папе Римскому Клименту. В 1635 году она сгорела и была отстроена заново, но спустя несколько лет снова пострадала от пожара. Тогда прихожане решили возвести каменный храм, собрали средства и наняли артель каменщиков.

Точный год начала строительства неизвестен, но к 1688 году стены уже были возведены, и работа кипела. Храм украшали с большим мастерством и любовью, частично подражая мастерам Троицкого собора, но добавляя и свои элементы. Артели каменщиков соревновались, стремясь превзойти друг друга в украшении храма, и в результате возникли два архитектурных шедевра, расположенных неподалеку друг от друга.

Когда строительство завершилось, деревянная кровля и главы, покрытые лемехом, снова пострадали от пожара. В течение следующего 18 века храм горел и восстанавливался около десяти раз, но благодаря богатству прихода Богоявленской церкви восстановление шло быстро.

На колокольне Богоявленской церкви было 16 колоколов, самые большие из которых были подарками от купцов-солепромышленников, что подтверждают записи в церковных книгах.

Богоявленская церковь оставалась действующей до 1933 года, когда ее, как и многие другие, планировали закрыть. 6 декабря 1933 года директор музея, расположенного в Троицком соборе и Доме воеводы, обратился в Комитет по охране памятников старины, и в 1934 году церковь была передана музею. Однако перед передачей колокола все же сбросили, но внутреннее убранство сохранилось, включая единственный в городе иконостас.

В 1943 году, по решению Московской Патриархии и с согласия Сталина, было разрешено открыть ряд храмов, и в Соликамске возобновились службы в Богоявленской церкви. Храм действовал до 1962 года, и многие жители Соликамска помнят службы в этой церкви, где они венчались, крестились, исповедовались и причащались.

В 1962 году церковь снова закрыли и передали музею. В ней разместился отдел природы и планетарий, где проводились сеансы по астрономии и освоению космоса.