Vor mehr als vierhundert Jahren stand an diesem Ort eine hölzerne Kirche, die Papst Clemens gewidmet war. Im Jahr 1635 brannte sie nieder und wurde neu aufgebaut, doch einige Jahre später erlitt sie erneut durch ein Feuer Schaden. Daraufhin beschlossen die Gemeindemitglieder, einen steinernen Tempel zu errichten, sammelten Mittel und engagierten eine Steinmetzgruppe.

Das genaue Jahr des Baubeginns ist unbekannt, aber bis 1688 waren die Wände bereits errichtet, und die Arbeiten liefen auf Hochtouren. Der Tempel wurde mit großer Kunstfertigkeit und Liebe geschmückt, teilweise nach dem Vorbild der Meister der Dreifaltigkeitskathedrale, aber auch mit eigenen Elementen. Die Steinmetzgruppen wetteiferten darum, sich gegenseitig in der Verzierung des Tempels zu übertreffen, und so entstanden zwei architektonische Meisterwerke, die in der Nähe zueinander lagen.

Als der Bau abgeschlossen war, wurde das hölzerne Dach und die mit Schindeln bedeckten Kuppeln erneut durch ein Feuer beschädigt. Im Laufe des folgenden 18. Jahrhunderts brannte der Tempel etwa zehnmal und wurde wiederhergestellt, aber dank des Reichtums der Gemeinde der Bogojaweńskaja Kirche ging die Wiederherstellung schnell voran.

An der Glockenturm der Bogojaweńskaja Kirche hingen 16 Glocken, von denen die größten Geschenke von Kaufleuten der Soleindustrie waren, was durch Aufzeichnungen in den Kirchenbüchern bestätigt wird.

Die Bogojaweńskaja Kirche blieb bis 1933 in Betrieb, als geplant wurde, sie wie viele andere zu schließen. Am 6. Dezember 1933 wandte sich der Direktor des Museums, das sich in der Dreifaltigkeitskathedrale und im Haus des Voivoden befand, an das Komitee zum Schutz von Denkmälern, und 1934 wurde die Kirche dem Museum übergeben. Vor der Übergabe wurden jedoch die Glocken abgenommen, aber die Inneneinrichtung blieb erhalten, einschließlich des einzigen Ikonostase in der Stadt.

Im Jahr 1943 wurde auf Beschluss des Moskauer Patriarchats und mit Zustimmung Stalins die Eröffnung mehrerer Kirchen erlaubt, und in Solikamsk wurden die Gottesdienste in der Bogojaweńskaja Kirche wieder aufgenommen. Der Tempel war bis 1962 in Betrieb, und viele Einwohner von Solikamsk erinnern sich an die Gottesdienste in dieser Kirche, wo sie geheiratet, getauft, gebeichtet und kommuniziert haben.

Im Jahr 1962 wurde die Kirche erneut geschlossen und dem Museum übergeben. Dort wurde eine Abteilung für Natur und ein Planetarium eingerichtet, in dem Astronomie- und Weltraumvorträge stattfanden.