Богородице-Сергиева пустынь исторически является преемником женской монашеской обители Царевококшайска, Богородице-Сергиевского нештатного общежительного монастыря, основанного в 1886 году как богадельня, а в 1888 году переименованного в женский черемисский монастырь.

В 1999 году по решению Святейшего Патриарха и Священного Синода был открыт мужской монастырь Богородице-Сергиева Пустынь в Килемарском районе республики. Строительство монастыря началось Епархией в 1997 году.

В августе 1998 года произошло важное событие для Марийской епархии: впервые с 1928 года состоялся крестный ход. Из Вознесенского собора в Йошкар-Оле в обитель была принесена чудотворная икона Явления Пресвятой Богородицы преподобному Сергию Радонежскому, уцелевшая после разорения Царевококшайского женского монастыря и ставшая главной святыней. В обители также хранятся чудотворные образы Владимирской Божией Матери, Усекновения главы Иоанна Предтечи и Иверской иконы Божией Матери. В 2003 году сюда были привезены святые мощи святителя Нектария Эгинского.

В монастыре под руководством наместника архимандрита Давида Кораблева служат 12 человек. За прошедшие годы монастырь значительно расширился. Богослужения проходят в церкви Явления Божией Матери преподобному Сергию Радонежскому, построенной в традициях русского деревянного зодчества. Все постройки, включая храмы, жилые и хозяйственные помещения, выполнены из дерева. Ведется строительство трапезного корпуса, хозяйственного двора, ограды обители со святыми вратами и угловыми башнями, а также игуменского корпуса с домовым храмом в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи.

Особое внимание уделяется благоустройству территории монастыря: разбиты цветники и высажены редкие хвойные деревья.

До 2006 года одной из главных проблем монастыря было отсутствие хороших дорог из-за его расположения в лесу. Благодаря поддержке государственных структур эта проблема сейчас практически решена.

Издательская деятельность занимает важное место в жизни братии. Монастырь продолжает древнюю традицию, когда святые обители Руси служили центрами просвещения. Здесь не только готовят книги к печати, но и выполняют оригинальные переводы с греческого современных афонских подвижников. Уже изданы и распространяются по обителям России письма старца Иосифа Ватопедского. По благословению святогорцев был выполнен перевод на греческий язык жития преподобного Сергия, игумена Радонежского, который передан игумену Афонского Ватопедского монастыря для издания. В 2007 году был переведен труд игумена Афонского Иверского монастыря Василия «Входное».