El Desierto de la Madre de Dios históricamente es el sucesor de la comunidad monástica femenina de Tsarevokokshaysk, del monasterio no estatal de la Madre de Dios de Sergiev, fundado en 1886 como asilo, y en 1888 renombrado como monasterio femenino cheremis.

En 1999, por decisión del Santo Patriarca y del Sínodo Sagrado, se abrió el monasterio masculino del Desierto de la Madre de Dios en el distrito de Kilemar de la república. La construcción del monasterio comenzó por la Diócesis en 1997.

En agosto de 1998, ocurrió un evento importante para la diócesis de Mari: por primera vez desde 1928 se realizó una procesión. Desde la Catedral de la Ascensión en Yoshkar-Ola, se llevó a la comunidad la icono milagrosa de la Manifestación de la Santísima Madre de Dios al venerable Sergio de Radonezh, que sobrevivió a la devastación del monasterio femenino de Tsarevokokshaysk y se convirtió en la principal reliquia. En la comunidad también se guardan imágenes milagrosas de la Madre de Dios de Vladimir, de la Decapitación de San Juan Bautista y de la icono de la Madre de Dios de Iver. En 2003, se trajeron aquí las sagradas reliquias del santo Nectario de Egina.

En el monasterio, bajo la dirección del abad archimandrita David Korablev, sirven 12 personas. A lo largo de los años, el monasterio se ha expandido significativamente. Los servicios se llevan a cabo en la iglesia de la Manifestación de la Madre de Dios al venerable Sergio de Radonezh, construida en las tradiciones de la arquitectura de madera rusa. Todos los edificios, incluidos templos, habitaciones residenciales y de servicio, están hechos de madera. Se está construyendo un edificio de comedor, un patio de servicio, una cerca del monasterio con puertas sagradas y torres en las esquinas, así como un edificio para el abad con una iglesia doméstica en honor a la Decapitación de San Juan Bautista.

Se presta especial atención a la mejora del territorio del monasterio: se han creado parterres de flores y se han plantado árboles coníferos raros.

Hasta 2006, uno de los principales problemas del monasterio era la falta de buenas carreteras debido a su ubicación en el bosque. Gracias al apoyo de las estructuras estatales, este problema ahora está prácticamente resuelto.

La actividad editorial ocupa un lugar importante en la vida de la comunidad. El monasterio continúa la antigua tradición, cuando las sagradas comunidades de Rusia servían como centros de educación. Aquí no solo se preparan libros para la impresión, sino que también se realizan traducciones originales del griego de los modernos ascetas del Monte Athos. Ya se han publicado y se distribuyen por los monasterios de Rusia las cartas del anciano José de Vatopedi. Con la bendición de los habitantes del Monte Athos, se realizó la traducción al griego de la vida del venerable Sergio, abad de Radonezh, que fue entregada al abad del monasterio de Vatopedi en el Monte Athos para su publicación. En 2007, se tradujo la obra del abad del monasterio de Iver en el Monte Athos, Basilio, titulada "Entrada".