Музей был основан в 1965 году, и значительную помощь в его создании оказал корреспондент газеты «Колхозная трибуна» Борис Гаврилко. Первоначально организацией музея занимались ветераны Гражданской и Великой Отечественной войн: А. Лепехин, М. Гордеев, Я. Соболь, Е. Резванова и другие. Изначально музейная комната была открыта в районной библиотеке имени М. Лермонтова под руководством Т. Лоскутовой.

Когда комната с экспонатами открылась, люди приходили туда ежедневно, чтобы их увидеть. Библиотекари одновременно исполняли роль экскурсоводов. Позже музею выделили историческое здание, где ранее находился штаб Первой Конной Армии под командованием С. М. Буденного.

Долгое время музей функционировал на общественных началах: ветераны войны и труда поочередно открывали его для посетителей на один-два часа. Такая ситуация сохранялась до конца 1983 года, пока районное руководство не предложило председателю колхоза имени Ленина А. М. Звягину взять музей на полное обеспечение.

В 1984 году директором музея стала Л. П. Шманкевич, которая за время своей работы описала 2 700 экспонатов. В 1994 году музей был передан на баланс отдела культуры, и в нем появились четыре штатные единицы. Значительный вклад в развитие музея внесла заслуженный работник культуры РСФСР Т. И. Лоскутова.

В 2004 году Белоглинский районный историко-краеведческий музей был преобразован в муниципальное учреждение культуры «Белоглинский историко-краеведческий музей» и получил статус юридического лица.