Бело-Бережская обитель была основана в 1714 году как Бело-Бережский Предтеченский Скит в живописной местности Белые Берега Брянского уезда Орловской губернии. Основателем стал монах Серапион, в схиме Симеон (+1741). 9 февраля 1721 года император Петр I издал указ о преобразовании Скита в Пустынь, назначив строителем монаха Серапиона и поручив строительство деревянного храма в честь Рождества Святого Иоанна Предтечи. В 1755 году на смену деревянному храму был построен каменный двухэтажный храм с четырьмя престолами во имя Святой Живоначальной Троицы и приделами в честь Владимирской иконы Божией Матери, Святителя Николая Чудотворца и Рождества Святого Иоанна Предтечи.

В 1777 году Пустынь была упразднена и присоединена к Брянскому Петро-Павловскому монастырю. В 1800 году начальником Пустыни стал старец Василий (Кишкин, +1831), ученик Афонских и Молдавских старцев, который возродил обитель. В 1804 году Пустынь вновь стала самостоятельным монастырем, а ее настоятель получил титул строителя. С 1804 по 1808 год обителью руководил Преподобный Лев Оптинский. В 1847-1856 годах была построена каменная пятиярусная колокольня с часами, а в 1878 году освящен новый пятиглавый двухэтажный каменный собор в честь иконы Божией Матери "Троеручица". При Пустыни был обустроен Скит с деревянным храмом. К 1916 году в монастыре насчитывалось 9 храмов и 32 корпуса, включая настоятельский, братские, трапезные, больничный, гостинный, странноприимный и различные мастерские, а также конный и скотный дворы. В середине XIX века в обители проживало около 200 человек, а к 1916 году, около 400.

Главной святыней монастыря была икона Божией Матери "Троеручица", принесенная в Пустынь старцем Серапионом 12 июля 1824 года, от которой происходили многочисленные чудеса. В праздничные дни обитель посещало до пяти тысяч паломников. Монастырь славился гостеприимством и в голодные годы бесплатно кормил 300-400 нуждающихся. Он также имел большую библиотеку и архив. В 1918 году началась конфискация имущества обители. Братия объединилась в трудовую коммуну и продолжала богослужения. С 1920 года в монастыре разместилась детская трудовая колония, и братию выселили. С 26 июля 1924 года богослужения прекратились. Все храмы были разрушены, а на месте Соборного храма построено здание детского санатория. От монастырской ограды сохранилась лишь одна башня и небольшой участок стены, большая часть корпусов была разрушена.

14 января 2004 года территория монастыря с постройками и коммуникациями была передана Брянской Епархии. Решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 17 августа 2004 года мужской монастырь Бело-Бережской пустыни в честь Рождества Предтечи и Крестителя Господня Иоанна был возобновлен, и настоятелем назначен иеромонах Глеб (Шматов). В настоящее время Брянская Епархия ведет ремонтно-восстановительные работы на территории Пустыни.