В состав музея входят четыре филиала: музей «Дом Плотникова», музей «Усадьба Худякова», «Музей Кузьмы Минина» и музей стекла «Черный лебедь». Три из них расположены в историческом центре Балахны, недалеко друг от друга. Эти музеи выросли из Балахнинского краеведческого музея, одного из старейших в Нижегородской области, основанного в 1927 году. В его фондах хранится около 19 тысяч экспонатов.

Каждый филиал имеет свою специфику и направления работы. Музей «Дом Плотникова» посвящен истории района с древнейших времен и включает выставочный зал и мастерскую кружевоплетения, традиционного для Балахны промысла с XVIII-XIX веков. «Музей Кузьмы Минина», единственный в России, находится в культурном центре «Дом Москвы» и был построен в 2009 году на средства Правительства Москвы в честь земляка. Экспозиция музея посвящена Кузьме Минину, событиям Смутного времени и созданию Нижегородского ополчения.

Усадьба Худякова представляет собой комплекс с парком, где демонстрируется купеческо-мещанский быт и работает мастерская жбанниковской свистульки. Усадьба также специализируется на проведении фольклорных мероприятий.

С 20 августа 2016 года в поселке Конево Балахнинского района открыт единственный в Нижегородском регионе музей стекла «Черный лебедь».