Du côté est de la place principale du monastère se dresse un massif clocheton de plus de 32 mètres de haut. Sa partie principale, construite dans la seconde moitié du XVIe siècle, représente un puissant mur avec deux arches basses pour les cloches au deuxième étage et deux larges chapelles en pierre. À l'intérieur du clocheton, les bases des chapelles ne sont plus visibles, car elles se trouvent à la jonction des parties anciennes et plus modernes. Au rez-de-chaussée du clocheton se trouvait une église, initialement consacrée au Nom de l'Origine des Saintes Arbres de la Croix Vivifiante du Seigneur, et au milieu de 1860, au Nom de la Vierge de Pechersk. À la fin du XVIIe siècle, un autel a été construit du côté sud en l'honneur d'Alexandre de Svir. Au début du XIXe siècle, le clocheton a subi des modifications significatives : entre 1808 et 1809, les chapelles ont été démontées et un nouveau niveau avec une arcade à trois travées a été ajouté. Le projet de surélévation a été élaboré par le clerc de la Maison archiépiscopale, Mizerov. En 1824, tous les travaux étaient achevés, et une rotonde de style classique avec huit colonnes et un dôme, conçue par l'architecte Pankov P. Ya, est apparue. L'horloge, qui se trouvait auparavant aux Portes Saintes, a été transférée au clocheton. Dans l'intérieur du clocheton, des fragments de fresques de différentes époques ont été conservés, les plus anciennes datant de la fin du XVIIe siècle et se trouvant dans l'autel d'Alexandre de Svir. L'église se distingue par ses icônostases en fresque, rares pour Yaroslavl, mais répandues dans les églises de Rostov. En raison du chauffage irrégulier, les fresques se détérioraient souvent et étaient réécrites, ce qui s'est produit quatre fois au XIXe siècle. Les étages supérieurs du clocheton ont été gravement endommagés lors de l'insurrection des blancs en 1918, mais des travaux de restauration ont été réalisés dans les années 1920 et 1950, et le clocheton a rouvert pour les citadins. En 1991, les cloches, qui avaient été séparées pendant longtemps, ont été restituées. Les cloches originales n'ont pas été conservées, elles ont donc été remplacées par des exemplaires provenant des fonds du musée-réserve. Actuellement, le clocheton abrite dix-huit cloches, fondues au XVIe et au début du XXe siècle à Saint-Pétersbourg, Yaroslavl, en Hollande et à Pskov. La plus grande d'entre elles pèse environ 115 pouds. Le clocheton remplit à nouveau sa fonction, retrouvant son statut de premier clocheton de Yaroslavl.

L'église sous le clocheton du monastère Spaso-Preobrazhensky était initialement consacrée au Nom de l'Origine des Saintes Arbres de la Croix Vivifiante du Seigneur. Dans les années 1680, sous l'archimandrite Alimpii, elle a été ornée de fresques, qui ont été renouvelées deux fois au XIXe siècle. Certains fragments de peinture du XIXe siècle ont été conservés sur le mur est, séparant la pièce lumineuse de l'église de l'autel semi-obscur. Sur le mur est représenté un icône avec des niveaux local, festif, deisis et prophétique. Au niveau local, on trouve des images d'Alexeï l'Homme de Dieu, de la Vierge de Tikhvine, de la Crucifixion et de l'Origine des Saintes Arbres. De telles fresques étaient courantes dans les églises de Rostov à l'époque d'Iona Sysoevich, mais rares à Yaroslavl. Des icônostases similaires se trouvaient également dans les églises de Yaroslavl de Pierre Métropolite et de la Vierge de Vladimir. Sur le mur de l'autel sud sont représentés Nicolas le Miracle-Faire, la Vierge de Pechersk, le Tout-Puissant sur le trône et les princes de Yaroslavl Fiodor, David et Constantin, et au deuxième niveau, les Fêtes, dans des médaillons ovales, les apôtres avec des rouleaux. Dans les lunettes en haut sont représentés la Louange de la Vierge, la Reine des cieux et le Signe. En 1824, sur ordre de l'archevêque Abraham, un icône en bronze a été installé dans l'église. En 1860, la peinture a été réécrite sur ordre de l'archevêque Nila, qui voulait faire de l'église son mausolée. Les murs, à l'exception de la barrière de l'autel, ont été replâtrés et peints par l'artiste Yegor Konstantinovich Diakonov dans un style académique. Au plafond sont représentés la Sainte Trinité et sept anges avec les instruments de la Passion, sur les murs, la Transfiguration, le Saint Nila, le Saint Silvestre et les miracle-faisants de Yaroslavl. Après l'achèvement de la restauration le 30 octobre 1860, l'église a été consacrée à nouveau par l'archevêque Nila au Nom de la Vierge de Pechersk. Dans les années 1970, l'église de Pechersk a été restaurée sous la direction de V.I. Vassine.