En el lado este de la plaza principal del monasterio se eleva un masivo campanario de más de 32 metros de altura. Su parte principal, construida en la segunda mitad del siglo XVI, consiste en una poderosa pared con dos arcos bajos para las campanas en el segundo nivel y dos amplios chapiteles de piedra. En el interior del campanario, las bases de los chapiteles no son visibles actualmente, ya que se encuentran en la unión de las partes antiguas y más modernas. En el nivel inferior del campanario se ubicaba una iglesia, consagrada originalmente en nombre del Origen de las Santas Reliquias de la Cruz Vivificadora del Señor, y a mediados de 1860, en nombre de la Madre de Dios de las Cuevas. A finales del siglo XVII, se construyó un altar en honor a Alejandro de Svir. A principios del siglo XIX, el campanario sufrió cambios significativos: en 1808-1809 se desmontaron los chapiteles y se añadió un nuevo nivel con una arcada de tres tramos. El proyecto de la ampliación fue desarrollado por el canciller de la Casa Arzobispal, Mizerov. Para 1824, todos los trabajos estaban completos, y apareció una rotonda en estilo clásico con ocho columnas y una cúpula, diseñada por el arquitecto Pankov P. Ya. En el campanario se trasladaron los relojes que anteriormente estaban en las Puertas Sagradas. En el interior del campanario se han conservado fragmentos de pinturas de diferentes épocas, siendo los más antiguos de finales del siglo XVII y ubicados en el altar de Alejandro de Svir. La iglesia se destaca por sus iconostasios de frescos, raros en Yaroslavl, pero comunes en las iglesias de Rostov. Debido a la calefacción irregular, las pinturas a menudo se deterioraban y se volvían a pintar, ocurriendo esto cuatro veces en el siglo XIX. Los niveles superiores del campanario sufrieron graves daños durante la insurrección blanca de 1918, pero en las décadas de 1920 y 1950 se llevaron a cabo trabajos de restauración, y el campanario volvió a abrirse para los ciudadanos. En 1991, se devolvieron las campanas, que habían estado separadas durante mucho tiempo. Las campanas originales no se han conservado, por lo que fueron reemplazadas por ejemplares de los fondos del museo-reserva. Actualmente, el campanario alberga dieciocho campanas, fundidas en los siglos XVI y principios del XX en San Petersburgo, Yaroslavl, Holanda y Pskov. La más grande pesa alrededor de 115 puds. El campanario vuelve a cumplir su función, recuperando su estatus como el primer campanario de Yaroslavl.

La iglesia bajo el campanario del monasterio de Spaso-Preobrazhensky fue originalmente consagrada en nombre del Origen de las Santas Reliquias de la Cruz Vivificadora del Señor. En la década de 1680, bajo el archimandrita Alimpius, fue decorada con pinturas que se renovaron dos veces en el siglo XIX. Algunos fragmentos de la pintura del siglo XIX se han conservado en la pared oriental, que separa el luminoso espacio de la iglesia del altar semioscuro. En la pared se representa un iconostasio con niveles local, festivo, de deisis y profético. En el nivel local se presentan imágenes de Alexis, el Hombre de Dios, la Madre de Dios de Tikhvin, la Crucifixión y el Origen de las Santas Reliquias. Tales pinturas eran comunes en las iglesias de Rostov de la época de Ion Sisyovich, pero son raras en Yaroslavl. Iconostasios similares también estaban en las iglesias de Yaroslavl de Pedro el Metropolitano y la Madre de Dios de Vladimir. En la pared del altar sur se representan a Nicolás el Milagroso, la Madre de Dios de las Cuevas, el Todopoderoso en el trono y los príncipes de Yaroslavl, Fiódor, David y Konstantín, y en el segundo nivel, las Fiestas, en medallones ovalados, apóstoles con rollos. En los lunetos de arriba se representan la Alabanza a la Madre de Dios, la Reina del Cielo y el Signo. En 1824, por orden del arzobispo Abraham, se instaló un iconostasio de bronce en la iglesia. En 1860, la pintura fue repintada por orden del arzobispo Nil, quien quería hacer de la iglesia su mausoleo. Las paredes, excepto la barrera del altar, fueron nuevamente enlucidas y pintadas por el artista Yegor Konstantinovich Diakonov en estilo académico. En la bóveda se representan la Trinidad del Nuevo Testamento y siete ángeles con los instrumentos de la Pasión, en las paredes, la Transfiguración, el Santo Nil, el Santo Silvestre y los milagrosos de Yaroslavl. Tras la finalización de la restauración el 30 de octubre de 1860, la iglesia fue nuevamente consagrada por el arzobispo Nil en nombre de la Madre de Dios de las Cuevas. En la década de 1970, la iglesia de las Cuevas fue restaurada bajo la dirección de V.I. Vasin.