Le monastère a été fondé par le tsar Ivan le Terrible le 15 octobre 1552 après la prise de la ville. Il a été construit à l'endroit où se trouvaient la tente royale et l'église de campagne, ainsi que les soldats russes enterrés, morts aux murs de Kazan. En 1559, la crue de la Volga a détruit les murs du monastère, et il a été déplacé au sommet de la colline. Le monastère est entouré d'un mur de pierre. Son nom non officiel "Zilantov" est lié à la colline où, selon la légende, vivait le serpent ailé mythique Zilant.

La fondation du monastère est également liée à l'inhumation ici du "premier saint martyr du Christ sur la terre de Kazan", Jean de Kazan.

L'ensemble principal du monastère s'est formé au XVIIe siècle. On y trouvait la cathédrale de l'Assomption de 1625, l'église au nom d'Alexis le Métropolite de 1720, ainsi que des bâtiments résidentiels et économiques. En 1640 et 1642, l'évêque de Souzdal, Joseph, accusé d'hérésie, a été exilé dans le monastère.

En 1732 et 1740, le séminaire spirituel de Kazan était situé dans le monastère, et à partir de 1740, l'école des Nouveaux Baptisés. Plus tard, les deux établissements d'enseignement ont déménagé dans leurs propres bâtiments. En 1829 et 1850, l'archimandrite Gabriel, auteur de la première histoire de la philosophie en plusieurs volumes en Russie, était le supérieur du monastère.

En 1918, dix moines du monastère de Zilantov, y compris l'archimandrite, ont été fusillés sans procès ni enquête sur des accusations floues de tir sur les gardes rouges. Pendant un certain temps, le monastère n'a pas fonctionné, mais bientôt une communauté orthodoxe a été créée sur sa base, qui a existé jusqu'en 1928, date à laquelle elle a été liquidée. À l'époque soviétique, l'ensemble sur la colline de Zilantov a été presque entièrement détruit. Le cimetière monastique, où étaient enterrés des citoyens éminents, a été détruit dans les années 1930.

En 1998, l'ancien monastère masculin a été restauré en tant que monastère féminin. De l'ancien monastère, seule l'église de Tous les Saints de 1681, considérablement reconstruite dans les années 1890, et le bâtiment du supérieur du début du XIXe siècle ont été conservés. Les autres bâtiments du monastère ont été construits au cours des dernières décennies, y compris la cathédrale de la Trinité consacrée en 2006, qui est une copie exacte de la cathédrale homonyme du monastère de la Trinité-Saint-Serge.