El monasterio fue fundado por el zar Iván el Terrible el 15 de octubre de 1552 tras la toma de la ciudad. Se construyó en el lugar donde se encontraban la tienda real y la iglesia de campaña, así como donde fueron enterrados los guerreros rusos que murieron a las puertas de Kazán. En 1559, la crecida del Volga destruyó los muros del monasterio, y fue trasladado a la cima de la montaña. El monasterio está rodeado por una muralla de piedra. Su nombre no oficial "Zilantov" está relacionado con la montaña donde, según la leyenda, vivía el mítico dragón alado Zilant.

La fundación del monasterio también está relacionada con el entierro aquí del "primer santo mártir de Cristo en la tierra de Kazán", Juan de Kazán.

El conjunto principal del monasterio se formó en el siglo XVII. Aquí se encontraban la catedral de la Asunción de 1625, la iglesia en honor a San Alexis Metropolitano de 1720, así como edificios residenciales y de servicio. En 1640 y 1642, el obispo de Suzdal, José, estuvo exiliado en el monasterio, acusado de herejía.

En 1732 y 1740, el monasterio albergó el seminario teológico de Kazán, y desde 1740, la escuela de los recién bautizados. Más tarde, ambas instituciones educativas se trasladaron a sus propios edificios. En 1829 y 1850, el archimandrita Gabriel fue el superior del monasterio, autor de la primera historia filosófica en varios volúmenes en Rusia.

En 1918, diez monjes del monasterio Zilant, incluido el archimandrita, fueron fusilados sin juicio ni investigación por una acusación poco clara de disparar contra los guardias rojos. Durante un tiempo, el monasterio no funcionó, pero pronto se creó una comunidad ortodoxa en su base, que existió hasta 1928, cuando fue liquidada. En la época soviética, el conjunto en la montaña Zilant fue casi completamente destruido. El cementerio del monasterio, donde fueron enterrados ciudadanos prominentes, fue demolido en la década de 1930.

En 1998, el antiguo monasterio masculino fue renovado como femenino. Del antiguo monasterio solo se conservan la iglesia de Todos los Santos de 1681, significativamente reconstruida en la década de 1890, y el edificio del superior de principios del siglo XIX. Las demás construcciones del monasterio aparecieron en las últimas décadas, incluyendo la catedral de la Trinidad, consagrada en 2006, que es una copia exacta de la catedral homónima del Monasterio de la Trinidad y San Sergio.