Le 12 janvier 1865, le musée de la Société pour l'étude de l'histoire naturelle de la province de Yaroslavl a été ouvert, fondé par le professeur d'histoire naturelle Andreï Stanislavovitch Petrovsky. En 1901, la Société a changé son nom pour celui d'histoire naturelle, et une collection entomologique significative a été ajoutée au musée. Au début du XXe siècle, ce musée était considéré comme l'un des plus grands musées provinciaux de Russie. En 1895, la Commission archivistique scientifique de la province de Yaroslavl a créé le Drevlekhranilishche, un musée historique dédié à l'étude et à la préservation du patrimoine culturel et historique de la région de Yaroslavl. La collection du musée, qui comptait 100 objets en 1895, avait augmenté à 12 000 pièces d'ici 1914. En 1924, les musées de la ville ont été réunis pour former le musée régional d'État de Yaroslavl. Celui-ci comprenait le musée historique et archéologique, l'ancien Drevlekhranilishche, le musée de l'art ancien russe, la galerie d'art ouverte le 5 décembre 1919, une bibliothèque scientifique et le musée d'histoire naturelle. En 1928, le musée a été placé sous la direction du Bureau muséal provincial, est devenu régional en 1929, puis en 1937, musée régional d'histoire locale. Dans les années 1930, le musée s'est concentré sur trois axes principaux : l'étude du passé historique, la construction socialiste et la nature avec les forces productives de la région. Des départements historique-révolutionnaire, antireligieux et polytechnique ont également été créés. En 1938, l'Institut du travail muséal et d'histoire locale a organisé au musée de Yaroslavl un département exemplaire de construction socialiste, qui est devenu un modèle pour d'autres musées du pays. Les employés étudiaient les entreprises industrielles, l'histoire du mouvement ouvrier, la vie rurale, les forces productives de la région et menaient des travaux d'expédition. Depuis 1934, des cercles pour les élèves ont commencé à être créés au musée, des conférences étaient organisées dans les entreprises, les clubs et les kolkhozes, et dans les années 1940, des interventions à la radio. Les employés du musée cherchaient à ouvrir de nouveaux musées : un musée antireligieux dans l'église d'Élie le Prophète, un musée littéraire dans l'église du Sauveur sur la ville et un musée architectural dans l'église de Nicolas de Nadeine. En 1959, par décret du Conseil des ministres de la RSFSR, le musée historique, architectural et artistique de Yaroslavl-Rostov a été créé sur la base du musée régional de Yaroslavl et du musée d'histoire locale de Rostov, du musée d'art régional et du musée-maison de Nekrasov à Karabikha, situé sur le territoire de l'ancien monastère de Spassky. Le sanctuaire comprenait également des monuments architecturaux et des églises, telles que celles d'Élie le Prophète, de Jean-Baptiste, de Nicolas de Nadeine, de Jean Chrysostome, et plus tard, de la Nativité du Christ et de l'Épiphanie. Depuis 1971, après la séparation en musées autonomes de la filiale de Rostov et du département artistique, le musée a été renommé musée historique et architectural de Yaroslavl.