El 12 de enero de 1865 se inauguró el Museo de la Sociedad para la Investigación Natural e Histórica de la Gobernación de Yaroslavl, fundado por el profesor de historia natural Andrey Stanislavovich Petrovsky. En 1901, la Sociedad cambió su nombre a natural-histórica, y el museo adquirió una significativa colección entomológica. A principios del siglo XX, este museo era considerado uno de los más grandes museos provinciales de Rusia. En 1895, la Comisión Archivística Científica de la Gobernación de Yaroslavl creó el Almacén de Antigüedades, un museo histórico dedicado al estudio y conservación del patrimonio cultural e histórico de la región de Yaroslavl. La colección del museo, que contaba con 100 exposiciones en 1895, creció a 12,000 objetos para 1914. En 1924, los museos de la ciudad se unieron para formar el Museo Estatal de Yaroslavl. Este incluía el museo histórico-arqueológico, el antiguo Almacén de Antigüedades, el museo de arte antiguo ruso, la galería de arte inaugurada el 5 de diciembre de 1919, la biblioteca científica y el museo de historia natural. En 1928, el museo fue subordinado a la Administración Museística de la Gobernación, en 1929 se convirtió en un museo distrital, y en 1937, en un museo regional. En la década de 1930, el museo se centró en tres áreas principales: el estudio del pasado histórico, la construcción socialista y la naturaleza con las fuerzas productivas de la región. También se crearon departamentos de historia-revolucionaria, antirreligiosa y politécnica. En 1938, el Instituto de Trabajo Museístico y Regional organizó en el museo de Yaroslavl un departamento demostrativo de construcción socialista, que se convirtió en un modelo para otros museos del país. Los empleados estudiaron empresas industriales, la historia del movimiento obrero, la vida rural, las fuerzas productivas de la región y realizaron trabajo de expedición. Desde 1934, comenzaron a formarse círculos para estudiantes en el museo, se llevaron a cabo conferencias en empresas, clubes y koljoses, y en la década de 1940, presentaciones en la radio. Los trabajadores del museo se esforzaron por abrir nuevos museos: uno antirreligioso en la Iglesia de Elías el Profeta, uno literario en la iglesia de Spas na Gorodu y uno arquitectónico en la iglesia de Nikolai Nadein. En 1959, por decreto del Consejo de Ministros de la RSFSR, se creó el Museo Histórico-Arquitectónico y Artístico de Yaroslavl-Rostov, basado en el Museo Regional de Yaroslavl, el Museo Regional de Rostov, el Museo de Arte Regional y la finca-museo de Nekrasov en Karabikha, ubicado en el territorio del antiguo monasterio de Spassky. El complejo también incluyó monumentos arquitectónicos y templos, como los de Elías el Profeta, Juan Bautista, Nikolai Nadein, Juan Crisóstomo, y más tarde, el de la Natividad de Cristo y la Epifanía. Desde 1971, tras la separación en museos independientes de la filial de Rostov y el departamento de arte, el museo pasó a llamarse Museo Histórico-Arquitectónico de Yaroslavl.