Am 12. Januar 1865 wurde das Museum der Gesellschaft für naturhistorische Forschung der Provinz Jaroslawl eröffnet, gegründet von Professor für Naturgeschichte Andrei Stanislavovich Petrovsky. Im Jahr 1901 änderte die Gesellschaft ihren Namen in naturhistorisch, und im Museum entstand eine bedeutende entomologische Sammlung. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts galt dieses Museum als eines der größten Provinzmuseen Russlands. 1895 wurde bei der Jaroslawler Provinzarchivkommission das Antiquitätenlager gegründet, ein historisches Museum, das der Erforschung und Erhaltung des kulturellen Erbes der Region Jaroslawl gewidmet ist. Die Sammlung des Museums, die 1895 100 Exponate umfasste, wuchs bis 1914 auf 12.000 Objekte an. 1924 kam es zur Vereinigung der Museen der Stadt im Jaroslawler staatlichen Regionalmuseum. Es umfasste das historisch-archäologische Museum, das ehemalige Antiquitätenlager, das Museum der alt-russischen Kunst, die am 5. Dezember 1919 eröffnete Kunstgalerie, die wissenschaftliche Bibliothek und das naturhistorische Museum. 1928 wurde das Museum dem Provinzmuseum verwaltet, 1929 wurde es zum Bezirksmuseum, und 1937 zum regionalen Heimatmuseum. In den 1930er Jahren konzentrierte sich das Museum auf drei Hauptbereiche: die Erforschung der historischen Vergangenheit, den sozialistischen Aufbau und die Natur mit den natürlichen Produktionskräften der Region. Es wurden auch historische-revolutionäre, antireligiöse und polytechnische Abteilungen gegründet. 1938 organisierte das Institut für Museums- und Heimatforschung im Jaroslawler Museum eine Abteilung für sozialistischen Aufbau, die zum Vorbild für andere Museen des Landes wurde. Die Mitarbeiter untersuchten industrielle Unternehmen, die Geschichte der Arbeiterbewegung, das Leben im Dorf, die Produktionskräfte der Region und führten Expeditionen durch. Ab 1934 begannen im Museum die Gründung von Gruppen für Schüler, es wurden Vorträge in Unternehmen, Clubs und Kolchosen gehalten, und in den 1940er Jahren gab es Rundfunkauftritte. Die Mitarbeiter des Museums strebten an, neue Museen zu eröffnen: ein antireligiöses in der Kirche des Propheten Elias, ein literarisches in der Kirche des Erlösers auf der Stadt und ein architektonisches in der Kirche von Nikolaus von Nadein. 1959 wurde auf Beschluss des Ministerrates der RSFSR auf der Grundlage des Jaroslawler und des Rostower Heimatmuseums, des regionalen Kunstmuseums und des Museums-Anwesens von Nekrasov in Karabikha das Jaroslaw-Rostower historisch-architektonische und künstlerische Museum-Reservat gegründet, das sich auf dem Gelände des ehemaligen Spasski-Klosters befindet. Zum Reservat gehören auch architektonische Denkmäler und Tempel wie die des Propheten Elias, Johannes des Täufers, Nikolaus von Nadein, Johannes Chrysostomus und später, der Geburt Christi und der Epiphanie. Seit 1971, nach der Abtrennung der Rostower Filiale und der Kunstabteilung zu eigenständigen Museen, wird das Museum als Jaroslawler historisch-architektonisches Museum-Reservat bezeichnet.