En août 1990, le métropolite de Volokolamsk et de Youriev, Pitirim (Nechaev), a consacré un terrain pour la construction d'une église en l'honneur de la Résurrection du Christ à Ioujno-Sakhalinsk. La construction a progressé lentement. Le projet de la cathédrale a été élaboré par l'architecte S. M. Michenko, inspiré par l'architecture de Novgorod. L'administration régionale et le maire de la ville, I. P. Farkhutdinov, ont apporté un soutien significatif à la construction.

Le 23 février 1993, le diocèse de Ioujno-Sakhalinsk et des îles Kouriles a été établi, et l'église en construction est devenue sa cathédrale principale.

Le 7 janvier 1995, lors de la fête de la Nativité du Christ, le premier service a eu lieu dans la nouvelle église, bien que les travaux d'aménagement intérieur, de finition extérieure et d'aménagement du territoire se poursuivaient encore. La cathédrale de la Résurrection est devenue la première église orthodoxe complète de la région, car auparavant, les paroisses étaient situées dans des bâtiments réaménagés.

Le 11 septembre 2002, la construction du clocher de la cathédrale a commencé, sa consécration ayant été réalisée par l'évêque Daniil. La cathédrale rénovée a acquis un nouveau visage : des chœurs spacieux pour les chantres archiépiscopaux ont été ajoutés, la superficie de la partie de la salle à manger et du vestibule a été augmentée, et un clocher avec un dôme doré a été construit. Le 12 octobre 2003, après l'achèvement de la construction du clocher et la reconstruction du bâtiment, la consécration du nouvel autel a eu lieu sous la direction de l'évêque de Ioujno-Sakhalinsk et des îles Kouriles, Daniil. Le service solennel avec la procession qui a eu lieu ce jour-là a marqué les dix premières années du diocèse.

Le 20 août 2003, le gouverneur de la région de Sakhaline, Igor Farkhutdinov, et quatorze autres responsables de la région ont péri dans un accident d'avion. À l'initiative de l'évêque Daniil, un mémorial avec une croix de dévotion a été érigé près de la cathédrale de la Résurrection.

En 2005, un khatchkar arménien, réalisé par des artisans de la vallée d'Ararat en tuf arménien, a été installé sur le territoire de la cathédrale.

En 2007, la construction d'un centre d'éducation spirituelle sur le territoire de la cathédrale a commencé, où des locaux pour des cours, une école du dimanche, une bibliothèque orthodoxe et d'autres espaces étaient prévus. La construction s'est achevée en novembre 2009, et le 3 mars 2010, le centre a été ouvert.