Im August 1990 weihte der Metropolit von Wolokolamsk und Jurjewskij, Pitirim (Nechajew), ein Grundstück für den Bau einer Kirche zu Ehren der Auferstehung Christi in Juschno-Sachalinsk. Der Bau schritt langsam voran. Das Projekt der Kathedrale wurde von dem Architekten S. M. Michenko entworfen, inspiriert von der Architektur Nowgorods. Die Gebietverwaltung und der Bürgermeister der Stadt, I. P. Farchutdinov, leisteten erhebliche Unterstützung beim Bau.

Am 23. Februar 1993 wurde das Bistum Juschno-Sachalinsk und Kurilen gegründet, und die im Bau befindliche Kirche wurde zur Hauptkathedrale.

Am 7. Januar 1995, am Fest der Geburt Christi, fand in der neuen Kirche der erste Gottesdienst statt, obwohl die Arbeiten an der Innenausstattung, der Außengestaltung und der Gestaltung des Geländes noch andauerten. Die Auferstehungskathedrale wurde zur ersten vollwertigen orthodoxen Kirche in der Region, da zuvor die Gemeinden in umgebauten Gebäuden untergebracht waren.

Am 11. September 2002 begann der Bau des Glockenturms der Kathedrale, dessen Weihe von Bischof Daniil durchgeführt wurde. Die erneuerte Kathedrale erhielt ein neues Aussehen: Es wurden geräumige Chöre für die Bischofschöre geschaffen, die Fläche des Speisesaals und des Vorraums vergrößert und ein Glockenturm mit einer goldenen Kuppel errichtet. Am 12. Oktober 2003, nach Abschluss des Baus des Glockenturms und der Rekonstruktion des Gebäudes, fand die Weihe des neuen Altars unter der Leitung des Bischofs von Juschno-Sachalinsk und Kurilen, Daniil, statt. Der feierliche Gottesdienst mit dem Kreuzgang, der an diesem Tag stattfand, war der Höhepunkt der ersten zehn Jahre des Bistums.

Am 20. August 2003 kam der Gouverneur der Region Sachalin, Igor Farchutdinov, bei einem Flugzeugabsturz ums Leben, ebenso wie vierzehn weitere Führungskräfte der Region. Auf Initiative von Bischof Daniil wurde neben der Auferstehungskathedrale ein Denkmal mit einem Kreuz errichtet.

Im Jahr 2005 wurde auf dem Gelände der Kathedrale ein armenischer Chatschkar errichtet, der von Meistern aus dem Ararat-Tal aus armenischem Tuff gefertigt wurde.

Im Jahr 2007 begann der Bau eines spirituellen Bildungszentrums auf dem Gelände der Kathedrale, in dem ein Hörsaal, eine Sonntagsschule, eine orthodoxe Bibliothek und andere Räumlichkeiten geplant waren. Der Bau wurde im November 2009 abgeschlossen, und am 3. März 2010 wurde das Zentrum eröffnet.