Selon les traditions ecclésiastiques, les premiers moines se sont installés à cet endroit au XIV ou XV siècle. La première mention écrite de la région des « Monts Saints » date de 1526 et se trouve dans les notes de l'ambassadeur impérial Sigismond Gerberstein.

La première mention fiable du monastère remonte à 1624, lorsque le clergé a reçu un acte royal sur le droit de posséder cette terre. En 1679, le monastère a été capturé et pillé par les Tatars de Crimée. Le monastère comprenait également le désert de la Mère de Dieu de Gorokhovatka. Plus tard, le monastère a été restauré et au XVIIIe siècle, il a perdu son importance défensive, devenant un grand propriétaire terrien.

En 1787, par décret de l'impératrice Catherine II, le monastère de Sviatogorsk a été aboli, et ses terres et biens sont passés au trésor. En 1790, le nouveau propriétaire est devenu le prince Potemkine-Taurique. Par décret du Saint-Synode, les églises monastiques ont été transformées en églises paroissiales, et les autres ont été démolies. Le monastère est resté dans un état aboli pendant près de 57 ans, les terres restant dans la famille Potemkine.

En 1844, à la demande de Tatiana Potemkina, par décret de l'empereur Nicolas Ier, le monastère a été restauré selon le rite et le règlement du désert de Glinsk de l'éparchie de Kouïsk. Au cours des 70 années suivantes, il a atteint son apogée, devenant l'un des plus grands de l'Empire russe. Pendant cette période, il a été question d'accorder au monastère le statut de lavra. Le monastère avait des ateliers de briques, des moulins, des boutiques et attirait de nombreux pèlerins. À la fin du XIXe siècle, un skit de Spaso-Sviatogorsk a été aménagé avec une église du Christ Sauveur, et il y avait également un skit d'Arseniev dans les grottes et un skit d'Akhtryr. Avant la Première Guerre mondiale, il y avait environ 600 moines dans le monastère.

Les événements de 1917 et l'arrivée du pouvoir soviétique ont tragiquement affecté le sort du monastère, dont le pillage a commencé en janvier 1918. Le fondateur de la République soviétique de Donetsk-Krivoy Rog, « camarade Artyom », a joué un rôle dans le sort du monastère : les principales églises ont été préservées, mais un cinéma a été installé dans la cathédrale de la Dormition, et une bibliothèque dans l'église de la Protection.

En 1922, le monastère a été liquidé, et à sa place a été créé une maison de repos pour les travailleurs du Donbass, ce qui a conduit à la ruine définitive du monastère.

La communauté de Sviatogorsk a été rouverte en 1992. Les premiers habitants étaient un moine, le prêtre Séraphim, et quatre jeunes novices de Donetsk. Cette année-là, la cathédrale de la Dormition, pillée et profanée, a été restituée, ayant été transformée en cinéma. En 1995, avec l'augmentation du nombre de frères, la restauration des églises et des bâtiments a commencé.

Le 28 novembre 2003, les bâtiments sous la gestion de la réserve historique et architecturale de Slavyanogorsk et du sanatorium « Monts Saints » ont été transférés au monastère. Compte tenu de l'ancienneté de la communauté et de son rôle historique, le 9 mars 2004, le Saint-Synode de l'Église orthodoxe ukrainienne a accordé au monastère le statut de lavra, en faisant la troisième lavra orthodoxe en Ukraine après celle de Kiev-Petchersk et de Pochaïv.

Le 5 décembre 2005, l'ordination épiscopale de l'abbé de la lavra, l'archimandrite Arseni Yakovenko, a eu lieu. Le 12 juillet 2008, le Synode des saints pères, ayant brillé dans les Monts Saints sur le Donets, a été glorifié. Le synode comprenait 17 saints. La décision de canoniser 16 d'entre eux a été prise le 8 mai 2008. Le vénérable Jean, ermite de Sviatogorsk, a été glorifié en 1995.

Le 7 juillet 2009, la communauté du monastère a découvert les reliques de l'archimandrite Arseni Mitrofanov et du vénérable Isaak Golovin. La lavra de Sviatogorsk est un centre spirituel important pour le troupeau orthodoxe de l'est de l'Ukraine. La cathédrale de la Dormition, le clocher du monastère avec l'église de la Protection, et l'église la plus ancienne en l'honneur des vénérables Antonin et Théodose de la Laure ont été restaurés. Les églises en l'honneur du vénérable Alexis et du saint Nicolas ont été restaurées. Le skit de Tous les Saints a été ressuscité avec une église en bois.

Tous les temples, grottes et bâtiments restants ont été restitués au monastère. Plus d'une centaine de frères servent dans la communauté. À l'été 2014, le monastère a accueilli 800 réfugiés, dont 300 enfants. Le Saint-Synode de l'Église orthodoxe ukrainienne a désigné la lavra comme lieu de résidence des évêques Innocent Shestopal et Hippolyte Khilko.

Les premiers moines ont creusé des églises et des cellules dans le niveau supérieur. La lumière pénétrait par de petites ouvertures, illuminant le cadre de l'icône et d'autres éléments. Les cellules sont reliées à une salle carrée, reposant sur un pilier massif. Sur le mur est, on peut voir les traces de l'iconostase de la première église souterraine jusqu'en 1632. Elle s'appelait d'abord l'église de la Dormition, puis l'église de Nicolas, et au XIXe siècle, l'église de Jean-Baptiste.

De cette église se ramifient des labyrinthes de trottoirs et de cellules. Un trottoir la relie à la réfectoire, un autre mène au niveau inférieur avec l'église souterraine d'Alexeï. En 1753, un schismatique, Tchekmenev, y a été exilé. La partie de l'autel de l'église avait la forme d'un cadre segmenté et était séparée par des pilastres.

À l'intérieur de la montagne de craie se trouve l'église des vénérables ermites Antonin et Théodose. Un couloir taillé dans la roche de craie mène au lieu principal de l'église. Elle a été fondée par des disciples des moines de Kiev, fuyant les hordes de Batu. Les archéologues y ont trouvé de la vaisselle des VIIIe et Xe siècles.

Sur la falaise de craie se trouvent les vestiges de l'église de Nicolas à trois chambres dans le style baroque de Sloboda. En 1679, trois cônes de craie avec des fenêtres se trouvaient à cet endroit. L'église souterraine de la Dormition s'est partiellement effondrée, révélant l'intérieur. L'église a complété la partie manquante de la falaise et est devenue son ornement. Ses dômes sont orientés selon l'axe est-ouest. Les maîtres ukrainiens des XVe et XVIe siècles plaçaient souvent un octogone de plus grand volume sur un octogone de plus petit volume. Au-dessus de l'autel s'élève une tour pyramidale avec un dôme. La tour ouest est ornée d'un motif décoratif en briques.