Laut kirchlichen Überlieferungen ließen sich die ersten Mönche an diesem Ort im 14. oder 15. Jahrhundert nieder. Die erste schriftliche Erwähnung des Gebiets "Heilige Berge" stammt aus dem Jahr 1526 und findet sich in den Aufzeichnungen des kaiserlichen Gesandten Sigismund von Herberstein.

Die erste verlässliche Erwähnung des Klosters bezieht sich auf das Jahr 1624, als dem Klerus ein kaiserliches Dekret über das Eigentum an diesem Land erteilt wurde. 1679 wurde das Kloster von den Krimtataren erobert und geplündert. Zum Kloster gehörte auch die Gorokhovatskaya Gottesmutter-Wüste. Später wurde das Kloster wiederhergestellt und verlor im 18. Jahrhundert seine Verteidigungsbedeutung, wurde jedoch zu einem großen Grundbesitzer.

1787 wurde das Svyatogorsk-Kloster auf Befehl von Kaiserin Katharina II. aufgelöst, und seine Ländereien und Güter gingen in den Staatsbesitz über. 1790 wurde der neue Besitzer Fürst Potemkin-Tavrichesky. Auf Befehl des Heiligen Synods wurden die Klosterkirchen in Pfarreien umgewandelt, während andere abgerissen wurden. Das Kloster blieb fast 57 Jahre lang aufgelöst, die Ländereien blieben im Besitz der Potemkins.

1844 wurde das Kloster auf Antrag von Tatjana Potemkina durch ein Dekret von Kaiser Nikolaus I. gemäß dem Ritus und der Regel der Glinskaya-Wüste der Kursker Diözese wiederhergestellt. In den folgenden 70 Jahren erlebte es eine Blütezeit und wurde eines der größten in der Russischen Empire. In dieser Zeit wurde die Verleihung des Klosterstatus als Lavra diskutiert. Das Kloster hatte Ziegelwerkstätten, Mühlen, Geschäfte und zog viele Pilger an. Ende des 19. Jahrhunderts wurde die Spaso-Svyatogorsk-Siedlung mit der Kirche des Erlösers eingerichtet, und es gab auch die Höhlen-Arseniev-Siedlung und die Akhtyrskaya-Siedlung. Vor dem Ersten Weltkrieg lebten im Kloster etwa 600 Mönche.

Die Ereignisse von 1917 und das Kommen der Sowjetmacht hatten tragische Auswirkungen auf das Schicksal des Klosters, dessen Plünderung im Januar 1918 begann. Der Gründer der Donetsk-Krivorozhsky Sowjetrepublik, "Genosse Artem", spielte eine Rolle im Schicksal des Klosters: Die Hauptkirchen wurden erhalten, aber in der Uspensky-Kathedrale wurde ein Kino eingerichtet, und in der Pokrovsky-Kirche eine Bibliothek.

1922 wurde das Kloster liquidiert, und an seiner Stelle wurde ein Erholungsheim für die Arbeiter des Donbass eingerichtet, was zur endgültigen Zerstörung des Klosters führte.

Die Svyatogorsk-Abtei wurde 1992 erneut eröffnet. Die ersten Bewohner waren der Mönch, Priester Serafim und vier junge Novizen aus Donezk. In diesem Jahr wurde die geplünderte und entweihte Uspensky-Kathedrale, die in ein Kino verwandelt worden war, zurückgegeben. 1995, mit der Zunahme der Brüderlichkeit, begann die Restaurierung der Kirchen und Gebäude.

Am 28. November 2003 wurden dem Kloster die Gebäude übergeben, die sich im Besitz des Slavyanogorsk historischen und architektonischen Reservats und des Sanatoriums "Heilige Berge" befanden. Angesichts des Alters der Abtei und ihrer historischen Rolle verlieh der Heilige Synod der Ukrainischen Orthodoxen Kirche dem Kloster am 9. März 2004 den Status einer Lavra, wodurch es zur dritten orthodoxen Lavra in der Ukraine nach der Kiew-Pechersk und der Pochaev wurde.

Am 5. Dezember 2005 fand die Bischofsweihe des Abtes der Lavra, Archimandrit Arseniy Yakovenko, statt. Am 12. Juli 2008 wurde der Versammlung der heiligen Väter, die in den Heiligen Bergen am Donze leuchteten, heiliggesprochen. In die Versammlung wurden 17 Heilige aufgenommen. Die Entscheidung über die Kanonisierung von 16 von ihnen wurde am 8. Mai 2008 getroffen. Der fromme Johannes, der Einsiedler von Svyatogorsk, wurde 1995 heiliggesprochen.

Am 7. Juli 2009 wurden von der Brüderlichkeit des Klosters die Reliquien von Archimandrit Arseniy Mitrofanov und des frommen Isakiy Golovin gefunden. Die Uspenskaya Svyatogorskaya Lavra ist ein bedeutendes spirituelles Zentrum der orthodoxen Gemeinde im Osten der Ukraine. Die Uspensky-Kathedrale, der Glockenturm des Klosters mit der Pokrovsky-Kirche und die älteste Kirche zu Ehren der frommen Anton und Theodosius von Pechersk wurden restauriert. Die Kirchen zu Ehren des frommen Alexius und des Heiligen Nikolaus wurden wiederhergestellt. Die Allheiligen-Siedlung mit der Holzkirche wurde wiederbelebt.

Alle Kirchen, Höhlen und erhaltenen Gebäude wurden dem Kloster zurückgegeben. In der Abtei dienen mehr als hundert Brüder. Im Sommer 2014 bot das Kloster 800 Flüchtlingen, darunter 300 Kindern, Zuflucht. Der Heilige Synod der Ukrainischen Orthodoxen Kirche bestimmte die Lavra zum Aufenthaltsort der Bischöfe Innokentiy Shestopal und Hippolyt Hilko.

Die ersten Mönche gruben Kirchen und Zellen in der oberen Ebene. Licht drang durch kleine Fensteröffnungen und beleuchtete die Füllung für das Ikon und andere Elemente. Die Zellen sind mit einem quadratischen Saal verbunden, der auf einer massiven Säule ruht. In der östlichen Wand sind Spuren des Ikonostases der ersten unterirdischen Kirche bis 1632 sichtbar. Zunächst wurde sie Uspenskaya genannt, dann Nikolaevskaya, und im 19. Jahrhundert, Johannes der Täufer.

Von dieser Kirche verzweigen sich die Labyrinthe der Gehwege und Zellen. Ein Gehweg verbindet sie mit der Speisehalle, ein anderer führt zur unteren Ebene mit der Alexeyevskaya-Höhlenkirche. 1753 wurde hier der Schismatiker Chekmenyev verbannt. Der Altarbereich der Kirche hatte die Form einer segmentierten Füllung und war durch Säulen getrennt.

Im Inneren des Kreidebergs befindet sich die Kirche der frommen Einsiedler Anton und Theodosius. Ein in den Kreidefelsen gehauener Korridor führt zum Hauptort in der Kirche. Sie wurde von Nachfolgern der Kiewer Mönche gegründet, die vor den Horden von Batu geflohen waren. Archäologen fanden hier Geschirr aus dem 8. und 10. Jahrhundert.

Auf dem Kreidefelsen befinden sich die Überreste der dreikammerigen Nikolaevskaya-Kirche im Stil des Sloboda-Barock. 1679 standen an dieser Stelle drei Kreidekonen mit Fenstern. Die Höhlen-Uspenskaya-Kirche ist teilweise eingestürzt und hat das Innere freigelegt. Die Kirche ergänzte den verlorenen Teil des Felsens und wurde zu seiner Zierde. Ihre Kuppeln sind entlang der Achse Ost-West angeordnet. Ukrainische Meister des 15. und 16. Jahrhunderts setzten oft einen achteckigen größeren Körper auf einen achteckigen kleineren Körper. Über dem Altar erhebt sich ein pyramidenförmiger Turm mit einer Kuppel. Der westliche Turm ist mit einem dekorativen Ziegelornament geschmückt.