Le monastère de Siandema a été fondé dans la seconde moitié du XVIe siècle par le vénérable Athanase, élève et ami du vénérable Alexandre de Svir. Athanase, ayant pris l'habit monastique à Valaam, après la mort de son maître, s'est retiré avec quelques disciples dans les forêts de Carélie. Sur une colline entre les lacs Siandema et Roshchinskoye, près d'Olonets, il a fondé la désert de Siandema. Cet endroit pittoresque était sous la direction de l'évêché de Novgorod. Avec la bénédiction de l'archevêque Pimen, Athanase a construit une chapelle en l'honneur de la Sainte Trinité et huit cellules, rassemblant autour de lui dix moines. Cependant, il est rapidement retourné au monastère de Svir, où il est devenu higoumène, laissant la désert sans surveillance.

On ne sait pas combien de temps Athanase a dirigé le monastère de son maître, mais à la fin du XVIe siècle, il était déjà considéré comme un ancien higoumène et demandait à l'archevêque Alexandre la permission de construire sur le site de la désert un monastère avec une église au nom de la Trinité Vivifiante et de dédier des terres pour des champs. Ayant obtenu la permission, Athanase a fondé une communauté masculine, où la fraternité vivait de son travail, donnant l'exemple.

Le vénérable Athanase est décédé dans une grande vieillesse et a été enterré sur la pointe du lac Roshchinskoye, où plus tard une église a été érigée en l'honneur des saints Athanase et Cyrille d'Alexandrie. Au début du XVIIe siècle, les invasions de la Lituanie et des Suédois ont détruit les témoignages écrits sur le monastère, mais avant cela, la communauté prospérait. Au début du XVIIIe siècle, un incendie a détruit la désert de Siandema, et en 1720, l'église des saints Cyrille et Athanase a été restaurée.

La région de Siandema est très pittoresque. La communauté est située sur une clairière, entourée de forêts denses, avec des lacs au nord et au sud. Sur une élévation entre les lacs se dresse le temple en bois de l'Assomption de la Mère de Dieu, construit par l'higoumène Innocent.

Après l'incendie, les reliques incorruptibles du vénérable Athanase ont été retrouvées. Elles ont été découvertes lors du creusement des fondations de la nouvelle église, et le 2 mai, elles ont été réinhumées dans l'ancienne tombe. Dans le temple au-dessus des reliques, une châsse a été installée, et la mémoire de la découverte des reliques est célébrée le 2 mai, jour de son saint patron, et le 18 janvier.

Pendant la réforme monastique, la communauté a été fermée, mais au XIXe siècle, elle a été restaurée. Le monastère comprenait deux églises : l'église en bois de l'Assomption de la Mère de Dieu et l'église en pierre d'Athanase et Cyrille, où reposaient les reliques d'Athanase. En 1865, l'église a été reconstruite.

Depuis 1909, le monastère est devenu féminin, avec des objectifs éducatifs. La communauté a rencontré des difficultés matérielles, mais a reçu le soutien des membres de la famille royale. À l'époque soviétique, le monastère a été fermé, les biens nationalisés, et les bâtiments utilisés à d'autres fins.

En 1941, le monastère s'est retrouvé sur la ligne de front, et ses bâtiments ont été détruits. En 2009, le renouveau de la communauté a commencé. L'archevêque Manuel a célébré un service, un temple en bois a été construit, et en 2011, le monastère a reçu le statut officiel de monastère féminin.